有一天，主人公黑羽快斗得知8年前失踪的父亲——黑羽盗一就是怪盗基德，父亲的失踪与一个神秘组织有关。为了揭开父亲的死因，黑羽快斗决定继承父亲怪盗的职业和名字，成为了第二代怪盗基德，不顾生命危险，想引出杀害父亲的凶手。

2031年，刘雷昂作为当事人，亲历了“翔龙危机”——量子反应堆失控及其带来的一系列灾难。地球环境激变，动植物、机械异常进化，特异生物“B.R.A.I”诞生，人类被逼到了灭绝的边缘。此后七年，为了对抗B.R.A.I，遭到流放的雷昂不离不弃，在市郊与“家族契约”妹妹可依相依为命，坚持着研究。一次战斗中，他出于无奈驾驶实验机上阵，歪打正着地挽回了城防军的败局，被召回与一群性格各异的人组成“潘多拉”特种部队，保卫人类最后堡垒——“绝对防御都市”新翔龙。从此，关乎人类生死存亡的一场场恶战波澜壮阔地展开……

邪恶天才科学家地狱博士企图征服世界，人类因此而陷入灭亡危机，在驾驶魔神Z的兜甲儿以及其他伙伴们的努力下，世界得以恢复和平。十年后，兜甲儿不再是超级机器人的驾驶员，而是成为了一名科学家。某日，他在富士山地底见到了被埋在山底的超巨大遗迹——INFINITY无限魔神，以及同时出现的神秘生命体“莉莎”。而在同一时刻，地狱博士突然神秘地复活了，他还打算利用INFINITY无限魔神所潜藏的无限可能性，完成他征服世界的野心……就在这千钧一发之际，传说中的驾驶员兜甲儿与魔神Z再次挺身而出拯救人类…

一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。当超梦醒来后，因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大出现在超梦的面前，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事，但没过多少时间，超梦再次感到迷茫。

在人类与风共同生活的城市“风来城”，每年会举行一年一度的“风节”。在“风节”的最后一天，传说的宝可梦洛奇亚会现身，为人类送上“恩惠之风”。这是人类与洛奇亚多年以来的约定。小智和皮卡丘偶然到达风来城参加“风节”，遇上了宝可梦新手训练家利莎、喜欢吹牛的吹牛大叔卡戛其、没有自信的懦弱研究家托里托、讨厌宝可梦的怪婆婆翡翠，还有独自伫足森林的神祕少女拉茹果。他们5人各有各的烦恼，以至无法和自己的宝可梦拍档更进一步，作出改变。但随著大家的相遇，命运的齿轮开始转动了…人类和洛奇亚的约定，能够如期发生吗？幻之宝可梦捷拉奥拉的真面目又是什么？现在，人类和宝可梦的友谊，即将令奇迹发生……