小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…… 另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500 年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为 “魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯尼恩与玛机雅娜又有着怎样的渊源？他们要如何共同对抗贾维斯拯救阿佐特王国？玛机雅娜的最终命运又将如何结局？一场精灵宝可梦史上最伟大的战役即将展开！

宝可梦是与我们共同生活在这个星球上不可思议的生物。目标与最强王者丹帝对战的小智，以及梦想收服所有宝可梦并追寻梦幻的小豪，二人以樱木研究所特别调查员的身份出发，在不同地区展开调查，邂逅了各种各样不可思议的宝可梦，还在旅途中收服了新的搭档。

“世纪恶女”安藤贵和毒杀情夫一案震惊全国，从而也揭开第二季故事的序幕，依然不改本性的古美门冒天下之大不韪出任贵和的律师，为其进行无罪辩护，谁知却遭到曾在其门下实习的新人检察官羽生晴树的阻截，在一番激烈的庭审辩护之后，古美门史无前例首尝败绩。在此之后，梦想为所有人带去幸福的羽生辞去公职，转而开起律师事务所。而古美门和黛真知子致力于游说贵和上诉的同时，为了弥补事务所的开支而不得不接手萝莉女性欺骗宅男、天才告诽谤、女方整容离婚案、邻里纠纷、知识产权侵权、一妻多夫争夺抚养权等等各类奇怪棘手的小案子。在这一过程中，羽生与古美门亦敌亦友，在竞争中共同成长，同时羽生也成为了古美门继三木律师之后又一个难缠的对手。

一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。当超梦醒来后，因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大出现在超梦的面前，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事，但没过多少时间，超梦再次感到迷茫。

在人类与风共同生活的城市“风来城”，每年会举行一年一度的“风节”。在“风节”的最后一天，传说的宝可梦洛奇亚会现身，为人类送上“恩惠之风”。这是人类与洛奇亚多年以来的约定。小智和皮卡丘偶然到达风来城参加“风节”，遇上了宝可梦新手训练家利莎、喜欢吹牛的吹牛大叔卡戛其、没有自信的懦弱研究家托里托、讨厌宝可梦的怪婆婆翡翠，还有独自伫足森林的神祕少女拉茹果。他们5人各有各的烦恼，以至无法和自己的宝可梦拍档更进一步，作出改变。但随著大家的相遇，命运的齿轮开始转动了…人类和洛奇亚的约定，能够如期发生吗？幻之宝可梦捷拉奥拉的真面目又是什么？现在，人类和宝可梦的友谊，即将令奇迹发生……