小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…… 另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500 年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为 “魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯尼恩与玛机雅娜又有着怎样的渊源？他们要如何共同对抗贾维斯拯救阿佐特王国？玛机雅娜的最终命运又将如何结局？一场精灵宝可梦史上最伟大的战役即将展开！

宝可梦是与我们共同生活在这个星球上不可思议的生物。目标与最强王者丹帝对战的小智，以及梦想收服所有宝可梦并追寻梦幻的小豪，二人以樱木研究所特别调查员的身份出发，在不同地区展开调查，邂逅了各种各样不可思议的宝可梦，还在旅途中收服了新的搭档。

本故事以被武力和恐怖支配的本能字学院为舞台，以为父报仇的转校生少女为中心， 围绕着在学园中“执牛耳者”的学生及学生会四大天王间的激战故事展开。缠流子和鬼龙院皋月，两人为本作的主人公。在本作中，皋月用极制服的力量支配着学园， 而流子为查明父亲死亡的真相而与皋月对抗。在这由力量支配的学园中，由于手持片太刀铗的转校生的到来，引起了动乱， 这一场各个能力者均被打倒的故事因此而开始！

这是一个人类与魔族共存的时代。某一天，魔王突然抓走了人类公主并威胁说：“想要公主的话，就向魔族交出世界的支配权。”人类被激怒，勇者为救回公主而踏上旅途。被“囚禁”在魔王城的公主，本该每日以泪洗面在绝望中等待救援，结果……闲得发慌的她，为了获得更安稳的睡眠而把魔王城闹得鸡飞狗跳。

动画剧场版《命运之夜—— 天之杯：恶兆之花》，是TYPE-MOON发售的文字冒险游戏《Fate/stay night》中第三条剧情线，简称“HF”或“樱线”。在故事中，圣杯是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。7位御主（Master）和7位从者（Servant）为了得到圣杯而相互厮杀的仪式被称为圣杯战争。 「圣杯战争」发生十年后，冬木市再次迎来了战争，一股不安的氛围笼罩着全城。有人暗施诡计，让这场战争开始逐渐陷入混乱……