传说中，地球四处散落着7颗龙珠。若是谁将它们收集起来就可以实现自己的愿望，人们为了获得它而不竭你争我夺。在地球的一个角落，糊口着武昆这个茁壮的孩子，武昆驯服祖父的遗训，祖父但愿他在与伟大的武天汇合后，与他一路睁开寻找七龙珠的使命。不外就在此时，野心勃勃的比克为了完成一统天下的野心，也插手了掠取七龙珠的争战，他必需拿到7颗龙珠，而且摧毁所有能够否决他的神圣势力，然而武昆却不知自己深负拯救世界的重大使命。在这段布满惊险的旅程中，神秘的七龙珠也起头呼叫他的主人，从而睁开一场惊天动地的大战。

某个黑夜，一名间谍潜入日本警察机关企图盗取一份机密文件，这份文件内容中含有英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”，甚至还有“FBI”等各国谍报机构的相关人员名单。千钧一发之际，安室透率领的日本公安赶到，间谍夺车逃跑，高速公路大桥上上演激烈追逐战，其他的车辆也被卷入其中，眼看要酿成惨重事故的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一用来复枪射中，从大桥坠入海中。 第二天，柯南等人来到东都水族馆游玩，他们在巨大摩天轮底下，发现了一位独自一人又负伤的漂亮女子，仔细一看她的两只眼睛的瞳孔颜色不一样，也就是俗称的“阴阳眼”。可是，这位女子已经是连自己名字都不记得的失忆状态，带的手机也已经损坏。为了帮助她找回记忆，柯南等人约好了和她同行。没想到，这一切都被贝尔摩德暗中监视着……

　有一天，主人公黑羽快斗得知8年前失踪的父亲——黑羽盗一就是怪盗基德，父亲的失踪与一个神秘组织有关。为了揭开父亲的死因，黑羽快斗决定继承父亲怪盗的职业和名字，成为了第二代怪盗基德，不顾生命危险，想引出杀害父亲的凶手。

故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中。另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一 配音）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设施内部。之后，在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内，发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架，而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里。

一场大规模的恐怖袭击，一个牵扯无数内幕的神秘组织，这个关乎整个东京的可怕计划即将拉开帷幕…首脑云集的东京峰会举办在即，会场突然发生超大规模的爆炸事件，不仅在现场发现行踪诡异的安室透，毛利小五郎更是惨遭陷害。面对最危险任务，最烧脑的推理，最艰难的博弈，柯南能否在迷雾中寻找到唯一的真相。