小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…… 另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500 年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为 “魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯尼恩与玛机雅娜又有着怎样的渊源？他们要如何共同对抗贾维斯拯救阿佐特王国？玛机雅娜的最终命运又将如何结局？一场精灵宝可梦史上最伟大的战役即将展开！

宝可梦是与我们共同生活在这个星球上不可思议的生物。目标与最强王者丹帝对战的小智，以及梦想收服所有宝可梦并追寻梦幻的小豪，二人以樱木研究所特别调查员的身份出发，在不同地区展开调查，邂逅了各种各样不可思议的宝可梦，还在旅途中收服了新的搭档。

一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。当超梦醒来后，因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大出现在超梦的面前，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事，但没过多少时间，超梦再次感到迷茫。

在人类与风共同生活的城市“风来城”，每年会举行一年一度的“风节”。在“风节”的最后一天，传说的宝可梦洛奇亚会现身，为人类送上“恩惠之风”。这是人类与洛奇亚多年以来的约定。小智和皮卡丘偶然到达风来城参加“风节”，遇上了宝可梦新手训练家利莎、喜欢吹牛的吹牛大叔卡戛其、没有自信的懦弱研究家托里托、讨厌宝可梦的怪婆婆翡翠，还有独自伫足森林的神祕少女拉茹果。他们5人各有各的烦恼，以至无法和自己的宝可梦拍档更进一步，作出改变。但随著大家的相遇，命运的齿轮开始转动了…人类和洛奇亚的约定，能够如期发生吗？幻之宝可梦捷拉奥拉的真面目又是什么？现在，人类和宝可梦的友谊，即将令奇迹发生……

住在真新镇的少年小智，迎来了能获得宝可梦训练家资格的10岁生日早晨。对从未见过的宝可梦，与从未见过的世界感到憧憬的他，应该到大木研究所领取要成为自己伙伴的宝可梦，可是小智睡过了头，等他抵达时只剩一只不喜欢人类的皮卡丘。“你是不是很讨厌我？可是，我很喜欢你哦！”尽管两人有过冲突，却也慢慢建立起友谊。外出旅行的那天，他们看见传说的宝可梦——凤王在天际翱翔。小智与皮卡丘拿着虹色之羽立下誓言——“总有一天，我们会一起去见它！”于是小智，为了成为世界第一的宝可梦大师，和皮卡丘一起展开了旅程。他们在途中遇见训练家诚子以及宗次，并听到了有关凤王的传说。“受到虹色之羽的引导，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士。”在不知何时潜入小智影子里的神秘宝可梦——玛夏多的引导下，小智一行人前往凤王栖息的天青山，此时却出现了一名强敌。他们俩是否能见到凤王！？为了实现启程那天所立下的誓言，两人现在即将展开成为“真正的伙伴”的冒险！