影片讲述纳粹德军侵略欧洲时，借机掠夺大量珍贵的艺术品，其中包括米开朗基罗、达芬奇等很多伟大艺术家的珍品，一群历史学家、博物馆人员冒着生命危险，与纳粹军周旋，保护并夺回了大量珍贵的艺术品。在这个由11个人组成的艺术品拯救小队中，有纽约芭蕾舞团创始人林肯·克斯汀，哈佛弗格美术馆工作人员乔治·斯考特，还有大都会博物馆的詹姆斯·洛米尔等人。 

　　大眼仔迈克（Mike Wazowski）和毛怪萨利（James P. Sullivan）是最好的朋友，不过他们可不是一开始就是这样的。想当年他们俩在怪兽大学第一次见面的时候，双方可是谁都无法忍受谁的，那么他们是怎样抛弃成见、求同存异、成为朋友的呢？这就是《怪兽大学》要讲述的故事。 约翰·古德曼（John Goodman）与比利·克里斯托（Billy Crystal）将继续为毛怪萨利（Sully）和大眼仔迈克（Mike）配音，而观众在看到很多老面孔的同时也将会遇到一群新的怪兽。

绰号“城里人”的勒博斯基被一伙歹徒当做杰弗里·勒博斯基，不但遭受毒打，家里的地毯上还被撒上尿。为讨公道，“城里人”去拜访与他同名的那位下肢瘫痪的百万富翁，得到不友善的接待。但是，“城里人”还是接受委托去送赎金，以救回富翁年轻的妻子邦尼。但这次交接被爱管闲事的沃尔特给搞砸了。富翁的女儿莫德给“城里人”看了邦尼与德国民粹主义分子尤里合演的录像片，投资人就是打手们的头子杰基。“城里人”这才意识到勒博斯基是在拿他当枪使，目的是侵吞勒博斯基家族的基金，绑架闹剧的真正导演正是勒博斯基夫妇自己......

上世纪70年代，一支集结了科考队员、探险家、战地摄影记者、军人的探险队，冒险前往南太平洋上的神秘岛屿——骷髅岛。他们的到来惊扰了岛上之神——史上最大金刚。经过一番惨烈的激战之后，探险队员散落在了岛屿各处。此时，队员们才意识到这次探险并不是一次单纯的科考任务，而是去探索怪兽存在的证明。 在这片与世隔绝、危险密布的丛林，无数怪异的史前生物暗藏其中，时刻威胁着他们的生命。队员们还遇到了神秘的原始部落，金刚的身世和其守护岛屿的原因也被逐渐揭开，原来，恐怖阴森的骷髅岛上还蛰伏着更凶狠残暴的怪兽……

从外表上看，蜜蜂巴瑞·B·拜森（杰瑞·宋飞 Jerry Seinfeld 配音）和其他的伙伴没有任何区别，但他对待未来却有着自己的想法。从大学毕业后，他和同学被分配到蜂房工业公司，成为一只毕生只能辛勤忙碌、四处采蜜的工蜂。巴瑞不愿过这种一眼就能看的到未来的生活，却似乎无力扭转局面。在第一次采蜜之行时，巴瑞遭遇一连串意外，更无数次险些丢掉性命。 他最终在美丽姑娘温妮莎（芮妮·齐薇格 Renée Zellweger 饰）的家中落脚，并和温妮莎成为好朋友。偶然机会，巴瑞发现蜜蜂辛勤工作得来的蜂蜜却被人类所“窃取”，这令他气愤不已，他决定行动起来，保护蜜蜂的果实……