大眼仔迈克（Mike Wazowski）和毛怪萨利（James P. Sullivan）是最好的朋友，不过他们可不是一开始就是这样的。想当年他们俩在怪兽大学第一次见面的时候，双方可是谁都无法忍受谁的，那么他们是怎样抛弃成见、求同存异、成为朋友的呢？这就是《怪兽大学》要讲述的故事。 约翰·古德曼（John Goodman）与比利·克里斯托（Billy Crystal）将继续为毛怪萨利（Sully）和大眼仔迈克（Mike）配音，而观众在看到很多老面孔的同时也将会遇到一群新的怪兽。

影片故事讲述了老牌喜剧作家查理（比利·克里斯托 Billy Crystal 饰）与才华横溢的纽约街头歌手艾玛（蒂凡尼·哈迪斯 Tiffany Haddish 饰）成为朋友的故事。他们在一起形成了一种不太可能但却令人捧腹和感动的友谊。

自幼憧憬惊吓专员职业的大眼仔麦克·华斯基，终于如愿考入曾走出过无数传奇人物的怪兽大学惊吓学院。对于这个相貌讨喜、丝毫没有任何恐怖气场的小怪物来说，死啃书本似乎是实现梦想的唯一途径。与之相对，系出惊吓名门的同学毛怪詹姆士·苏利文天生是周围同学关注的焦点，完全一副什么都无所谓的浪荡公子哥做派。

出狱后的黑帮老大保罗想过平凡生活，于是他再次找到心理医生本。可是本如今却被家族问题所困扰，需要别人帮他进行心理治疗。