- 明朝嘉靖年间,嘉靖帝昏庸无能,朝廷被严党把持,内部朝政腐败,沿海倭寇横行,整个朝野被牢牢掌控在严党党魁——奸相严嵩之子严世蕃的手中,明朝危在旦夕。少林寺观海方丈隐居达摩洞后,少林僧众既心忧国难,又对前程一片迷茫。少林新收的俗家弟子程闻道、高剑雄、海大力与严氏父子有灭门之仇,因天分极高,被分别安排到达摩堂,药局和般若堂苦修武功、医道和禅学。为了达到控制少林为己所用的目的,严世蕃借平倭之名调走了少林武僧团,又勾结少林叛徒疯头陀霸占少林,把一方禅林净土变成了人间炼狱。练功有成的程闻道等人在观海大师的暗中帮助下,带领少林僧众与疯头陀和严党周旋,最后铲除了疯头陀,并协助朝中的正义之士扳倒了严氏父子。
- 清源堂名医谷风之子意外溺水身亡,谷老夫人归咎于管家房成。 房成心中不快,恰逢他与有夫之妇所生女儿蔷薇无处寄养,故将谷风寄养在外的女儿忍冬与其掉包。蔷薇被带回谷家,成了掌上明珠,而忍冬则被送到何秀处,在贫寒困苦中长大。忍冬机缘巧合下来到清源堂工作,与同样命运多舛的韩冲相识。她乐观的天性和医学天赋,很快赢得了众人的喜爱,甚至蔷薇暗恋多年的正定,也对忍冬渐生好感。房成得知忍冬身份后,陷害忍冬,谷老太因此对忍冬处处刁难。蔷薇获悉真相后,为保住自己地位,也不惜一切代价力图阻止忍冬重回谷家。在韩冲和正定的帮助下,忍冬凭借自己不懈的努力,化解了种种危机和困境,成为妇孺皆知的女大夫。房成阴谋败露,最终忏悔伏法,谷家父女终于得以团聚。