- 在非洲游历了一圈之后，纽约中央公园的四位明星们继续着回到纽约，回到中央公园的旅程。不过，只要旅途中有猩猩和那群企鹅的“帮忙”，旅程就没有想象中的那么顺利。在蒙特卡洛的一家赌场里，由于大家的耍宝，大闹赌场，进而招致了心狠手辣的动物管理局上尉杜波依斯（弗兰西斯·麦克多蒙德 Frances McDormand 配音）的围追堵截。为了逃过追捕，大家逃进了一个在欧洲进行巡回演出的马戏团。在马戏团里，大家延续着“马达加斯加”式的幽默，笑料百出。虽然，欧洲这一路上的旅行并不顺利，不断受到杜波依斯上尉的追捕威胁，不过大家一直怀揣着回到纽约，回到纽约中央公园的梦想。在马戏团，还帮助了东北虎维塔利（布莱恩·科兰斯顿 Bryan Cranston 配音）、美洲虎吉亚（杰西卡·查斯坦 Jessica Chastain 配音）以及海狮斯蒂芬诺（马丁·肖特 Martin Short 配音）重拾对马戏表演的信心。
- 延续前一集的剧情，狮子亚历克斯（本·斯蒂勒 配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克 配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默 配音）、河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯 配音）以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，大家对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样，而且言行举止各异，使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们，在这野外艰难的环境中应该怎么办？虽然在这儿遇见了自己的同类，但因为习性不同，使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境，与同类们建立良好的关系，大家都施展出各种招式，笑料百出。
- 阿拉底（萨莎•拜伦•科恩 Sacha Baron Cohen 饰）是中东瓦迪亚共和国领导人。一出生，他就开始了专制的统治。他参加百米比赛，自己鸣枪自己跑，凡是跟随者统统被射杀。他视察核武器实验室，对于不合心意的科学家统统铲除。他接见外国元首，总习惯炫耀自己独特的腋臭。他每每睡过一个明星，总习惯拍张裸照存在自己的王宫。他荒淫无度，备受瞩目，用沾满了血腥的手握紧了权杖。某日，他来美国纽约参加联合国会议，却意外被牧羊人将军（本•金斯利 Ben Kingsley 饰）出卖，后者竟然找了个山寨货作了他的替代者，成立了傀儡政府。他眼看着那个脑残的李鬼在联合国大会上胡作非为，极度气愤。他来到瓦迪亚驻美大使馆前示威游行，认识了收容难民有机食物女店主（安娜•法瑞丝 Anna Faris 饰）。他隐姓埋名来到店中闹出很多笑话，后来他离店出走，意外遇到了昔日的下属，开始谋划重新夺取政权，阴错阳差之后，他爱上了那个女店主，并开始了复仇之旅……
