影片讲述了一个小男孩维克多的爱狗Sparky被车撞死后，他十分伤心。在学校上课的时候，当老师做用电击青蛙的方法使其神经抽搐的实验时，他有了救活他的小狗的小狗的灵感。于是晚上，他引了天上的雷电电击小狗的尸体，使它复活。重生的小狗吓坏了男孩家的邻居们，他们视这只狗为怪物……邻居们追赶狗时将狗和男孩逼进一间小木屋，失手几乎烧死他们。但小狗却将男孩救出，自己死去。邻居和男孩的父母为之感动，决心再次救活它。他们用汽车发动机制造电能，又一次救活了这只狗…… 《科学怪狗》是根据伯顿1984年拍摄的一部同名短片改编的，影片灵感来自玛丽·雪莱的《科学怪人》（Frankenstein），不过相比《科学怪人》，这部影片的结尾要光明的多。早在上世纪80年代，当时还在迪士尼工作的波顿就有了《科学怪狗》的构思，但由于资金限制且波顿当时尚未有长片作品，最终令波顿决定将其拍摄制作成一部短片。事隔多年，已经是名导的波顿对此片念念不忘并最终提上议事日程。

小男孩马基在逃亡途中遇到了长颈鹿扎拉法,一同踏上冒险征途.

心系善良姑娘乔赛特的巴纳巴斯继承了家族产业，却被女巫安琪莉可施行毒咒，乔赛特香消玉损，而巴纳巴斯变成吸血鬼被封在棺中。两个世纪后，巴纳巴斯重返人间，却发现家业被女巫牢牢统据。与此同时，一位长相酷似昔日爱人乔赛特的年轻女孩也鬼使神差地来到了科林斯港。

十三世纪，牧师已经开始用“所罗门之书”对抗女巫和恶魔。一百年后，在十字军战争中因为战功卓著而声名鹊起的骑士贝曼（尼古拉斯·凯奇 Nicolas Cage 饰）和老搭档菲尔森(朗·普尔曼 Ron Perlman 饰）厌倦了战争的残酷，二人解甲返乡，但他们在小镇上看到的却是瘟疫肆虐的景象。贝曼和菲尔森因逃兵的身份被收押，当地领主了解二人的功勋，随即代表教会委托给他们押送一个女巫去修道院接受审判的任务。贝曼、菲尔德以及当地的一位牧师、一名骑士，还有一个担任向导的盗贼组成了一支押送队。笼中的少女看起来毫无威胁并且无辜，贝曼难以相信她是带来瘟疫的女巫。沿路一位年轻骑士加入了他们的队伍，但同时莫名的血腥异像也反复出现，贝曼一行在抵达终点时终于发现，这一切都是恶魔的一场阴谋……

在上一部结尾处，比尔博一行人对巨龙史矛革声称将要重新收复自己的家园，但却不知不觉地被一股强大致命的力量推向世界黑暗的更深处，而巨龙史矛革的重现将自身无尽的愤怒对准了长湖镇的男女老少。 索林迷恋自己收回的财富，他牺牲了队友的友谊，却把霍比特人推向了绝望与危险的境地，殊不知有更大的危险在前方等待。劲敌索伦派出了第四军团的半兽人在孤山秘密埋伏袭击，但只有灰袍巫师甘道夫洞悉了这一危险。面对不断高涨的黑暗势力的冲突，侏儒、精灵族以及人族必须决定是否联合，否则均将会被毁灭。比尔博在五军联合的史诗战中为自己的生命而决斗，而迷失的索林也将面对财富的欲望完成自我救赎。