故事发生在1940年代的香港，妙龄少女方兰（周迅 饰）和母亲（叶德娴 饰）一起过着相依为命的生活，两人将家中的二楼租住给了作家茅盾（郭涛 饰）和其太太孔德沚（蒋雯丽 饰）。方兰十分热爱矛盾的文字，在其中感受到了火热的革命热情和澎湃的民族气节，然而对于身边动荡的时局和紧张的政治氛围，方兰却知之甚少。 刘锦进（彭于晏 饰）是拥有着矫健身手的进步青年，受组织委托，他负责护送滞留在香港的一批重要文人返回大陆，茅盾一家人便在名单之列。在误打误撞之中，方兰被卷入了这一危险的行动之中，并在刘锦进的建议和鼓励之下，加入了革命队伍之中去，母女两人因此被卷入了历史的滚滚洪流之中。

　　香港地少人多，传统的优待原居民的房屋政策引起极大争议。因此，政府有意修改原有的政策。由于涉及庞大利益，平静的乡村随之风起云涌，相关的人士利用窃听等手段展开明争暗斗。过程中见证了一个乡绅家族的兴衰浮沉。 　　据麦庄两位导演透露，《窃听风云3》的故事和题材与前两部相比有较大的提升，这次的故事主题会是一个更为艰难和庞大的房地产市场。片方博纳影业老总于冬还透露，影片目前的投资超越了第一部与第二部的总和，场面也会超越前作。

名校校长吕慧红（杨千嬅 饰）与丈夫谢永东（古天乐 饰）迎来了两人结婚十周年纪念日。提早退休的吕慧红计划半年后和丈夫一起环游世界，然而，吕慧红偶然发现了一所面临倒闭的元田幼儿园。幼儿园里只有5个小孩——小雪（何涴潆 饰）、嘉嘉（傅舜盈 饰）、珠女（王诗雅 饰）、南亚裔姊妹Kitty（李咏珊 饰）和 Jennie（陈丽儿 饰），如果聘请不到校长，学校将被拆除。于是，吕慧红毅然应聘，而丈夫谢永东也决定和她共同进退。在这所破旧的幼儿园里，吕慧红不仅要照顾处于各种问题的五个小孩，同时也要面临自己的人生考验……

马会的球赛博彩操盘手被独行杀手（周渝民 饰）杀害，目击证人竟是廉署首席调查主任陆志廉（古天乐 饰），因为他正与另一调查主任王曼玲（蔡少芬 饰）调查幕后操盘手。重案组督察刘保强（张智霖 饰）随后介入案件调查，却与陆志廉心生嫌隙。根据线索，警方得知香港非法赌球幕后有一个大庄家叫华老师（卢海鹏 饰）；同一时间马会保安经理伦添源（林保怡 饰）被杀。杀手原来受聘于国际犯罪集团首脑，该首脑操控了欧洲的球赛赛果，跟香港的搭档合作从中获利，而他的搭档，正是马会的董事（石修 饰），正将继任马会主席。两支纪律部队由开始时的互不信任，到最后发展出默契，誓要将集团连根拔起……

情报科窃听小组三兄弟情同手足，梁俊义（刘青云 饰）正直而又懦弱，在个人感情问题上托泥带水；杨真（古天乐 饰）家境窘困，不仅要应付身患白血病儿子的随时可能出现的突发情况，而且自己也病入膏肓，命不久矣；林一祥（吴彦祖 饰）年轻有为，满怀雄心，如今又“嫁入豪门”，前途不可限量。 三兄弟在负责调查上市公司“风华国际”涉嫌内幕交易案起始，通力合作，出色的完成了布置各种偷听及监视仪器的工作。在继续的监听过程中意外获得一则情报，巨额利润诱惑之下，三人遂起贪念，在风起云涌的股市大赚一笔。事后三人又恐事情败露，利用职务之便销毁罪证。 正当三人以为这件事平息之际，却不曾想风云再起，一只意想不到的黑手往他们袭来，三人陷入劫境，连遭杀戮，最终悲情收场。 “三大型男”挑战极限，两大班底（《无间道》、《门徒》）共同打造，一段悲情感人至深。