- 军方和汽车人的秘密合作计划面临被取消的危险，而重新复活的威震天和红蜘蛛引领霸天虎军队，密谋夺取能量源，企图在地球掀起又一场腥风血雨。 此时主人公萨姆（希安·拉博夫 Shia LaBeouf 饰）告别相恋的女友米凯拉（梅根·福克斯 Megan Fox 饰），要开始自己梦寐以求的大学生活了，但一切似乎都不那么顺利，一块小小的魔方碎片似乎在给予萨姆某种启示。为了获取魔方里的信息，霸天虎开始了对萨姆的追击，擎天柱为了保护萨姆而牺牲，萨姆受其感召，决定重新担负起自己的使命。 萨姆在自己室友里奥（雷蒙·罗德里格斯 Ramon Rodriguez 饰）和“机器战士”西蒙斯（约翰·托尔托罗 John Turturro 饰）的帮助下，与女友米凯拉根据魔方碎片给萨姆的提示来到了埃及，他们在金字塔里发现了能量源。而此时，霸天虎的军队也赶到了埃及。军方此时有一小队人马也在西荤斯的要求下带着擎天柱的尸体来到了埃及，善恶双方力量在那片金色的沙漠展开了殊死搏斗。
- 地球核心因为不明原因停止转动，导致存在于地球上的电磁场急速崩解，全球各 地都出现异常灾难。美国波士顿在十个街口的范围内，有三十二名装置心律调整器的 市民在一瞬间心脏停止跳动因而暴毙； 西岸旧金山的地标金门大桥也突然断成两截，数百人坠入大海；而更离奇的是， 聚集在伦敦特拉法加广场的成群鸽子突然之间失去辨识方向能力，于是成千上百只鸽 子就这样冲进人群或是撞上玻璃窗，不但伤及无数游客，更让车辆驾驶失去控制发生 严重意外； 最夸张的是，罗马著名的观光景点古罗马竞技场前，无数游客竟然亲眼目睹这座 千年古迹被密集的闪电击成碎片。美国政府及军方在面临这项空前危机时，决定向顶 尖的地质物理学家乔许·凯斯，以及一群全球最杰出的科学家求助并找来所谓的“地 心航员”蕾贝卡·柴德中校以及劳勃·艾维森指挥官驾驶一艘前所未有的地心航舰， 载着这群科学家执行一项空前绝后的伟大任务，那就是深入地心引爆核弹，让地球核 新再度转动，并避免地心毁灭导致世界末日……
