马来西亚发生高危的变种传染病，医生大胆给自愿病人使用未经官方认可的新药。当地一新闻记者突然堕楼身亡，接连药业公司AMANAH的创办人兼董事长的儿子离奇自杀后，其妻急赴香港，警长李永勤与香港警察王大伟合作追查。王大伟收到一条视频，里面自称“泄密者”的神秘组织透露了药业界的黑幕，更指控AMANAH藉着瘟疫大发灾难财。“泄密者”邀约香港日报记者阮嘉岚会面。李永勤和王大伟追踪到阮嘉岚与泄密者的见面地点⋯⋯

故事发生在1940年代的香港，妙龄少女方兰（周迅 饰）和母亲（叶德娴 饰）一起过着相依为命的生活，两人将家中的二楼租住给了作家茅盾（郭涛 饰）和其太太孔德沚（蒋雯丽 饰）。方兰十分热爱矛盾的文字，在其中感受到了火热的革命热情和澎湃的民族气节，然而对于身边动荡的时局和紧张的政治氛围，方兰却知之甚少。 刘锦进（彭于晏 饰）是拥有着矫健身手的进步青年，受组织委托，他负责护送滞留在香港的一批重要文人返回大陆，茅盾一家人便在名单之列。在误打误撞之中，方兰被卷入了这一危险的行动之中，并在刘锦进的建议和鼓励之下，加入了革命队伍之中去，母女两人因此被卷入了历史的滚滚洪流之中。

台湾青年何士戎（吴克群 饰）年过而立依旧一事无成，他失落彷徨，死亡是他梦中永恒的主题。某晚，何从高楼坠下，但这一切并未结束。当他再次醒来时，发现自己竟身处异国他乡，周围人全说着他听不懂的泰语。原来他的意识进入了一个泰国植物人阿森尼的身体，一段崭新人生就此展开。 阿森尼的妻子娜肯（皮佳娜 Pitchanart Sakakorn 饰）并不为丈夫的苏醒感到高兴，反而表现出奇怪的冷淡和厌恶；另一方面，阿森尼也时常看到各种奇怪的人和事件，这都令他焦虑不堪。“夫妻”二人的隔阂并未持续多久，温柔的阿森尼让娜肯冰冷的心渐渐融化。而他也开始代替阿森尼前去上班。不过，这却是一份极不平常的工作……

从小被喇嘛收养的刘曦（吴京饰），跟随养父吉祥（洪金宝饰）护送“贡佛天珠”，怎料途中被一群神秘人偷去。吉祥怀疑事件与多年前销声匿迹的“双子门”有关，于是找到了当年的校长常忠（元华饰）。 为了尽快找到丢失的天珠，吉祥以及常忠决定重组“双子门”，从马戏团找回双胞胎姐妹珍珠（蔡卓妍饰）、宝珠（钟欣桐饰）以及其余学生。 苦苦追寻终于发现天珠下落，与一班似乎同是“双子门”的人大打出手。刘曦最后抢到了“天珠”，却误交给常忠弟弟，常勇。 同时也发现了更多的秘密。

临近退休年龄的警署运输车辆警长林国权（任达华 饰）负责管理警队车辆、司机日常出勤及维修事物，在他与好朋友、刑事侦缉督察肥威骆华威（林雪 饰）、好徒弟李育勤平日生活中，也频遇诡异街头罪案。厕所追杀案、黑道假钞纠纷、蛋挞店冷血杀父案都让他们成功攻破立下奇功。因对儿子的爱，使热爱刑侦工作的林国权选择放弃隐退幕后。当他放下一切顾忌后，雄心再起，选择重回行动组，在他的影响下，好徒弟警员司机李育勤也突破心魔、实践理想，在一起银行抢劫枪战案中表现出色，并下定决心向着飞虎队员的方向前进……