小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…

三门市，人口28万人。某一天，通往异世界的门在这里打开了。从异世界而来的侵略者“近界民”，任意蹂躏门附近的地区，让整座都市陷入恐惧之中。 就在每个人都认为都市毁灭只是早晚的问题时，突然出现一个神秘的团体击退了近界民。 被称为境界防卫组织“BORDER”的他们，在这边的世界建立了巨大的基地，以对抗陆续来袭的近界民。四年后，近界民空闲游真从异世界来到日本寻找父亲的熟人，并认识了三云修。 修为了解近界民的真相，决定指引及监视人生路不熟的游真，两人的故事随着“BORDER”与“近界民”的战斗展开。

二次元明星驾到

舞台是2030年的东京。东京近郊一带突然观测到了高频率的共鸣音，同时城市被红雾覆盖。而且，听到这声音的，不论动物还是人类，全都失去了意识。随着首都机能的麻痹，政府暂时将首都机能移往大阪，并预测这一现象为实体不明的病毒，出于对瘟疫的担忧而封锁了东京。但就在这一“大共鸣”发生6天后，失去意识的人们好像什么都没发生过一样地醒来了。之后，封锁都市·东京逐渐取回了城市机能，但以这一天为分界线，各种各样的“异常事件”开始发生，人们开始接连被更进一步的非日常所侵蚀。在此之中，还存在着解放了隐藏在血中的力量、觉醒为“英血之器”的年轻人们——他们被彼此的力量所吸引，不容拒绝地相遇，心灵相通，互相杀害，逐渐被残酷的命运连环所吞噬。

椿消失无踪后，重新回归的平稳日常也才没有过多久——突然，落下了不合时节的大雪。思考着这异常气象是否与吸血鬼有关的真昼，为了召集吸血鬼的主人们而联系了“色欲”的主人有栖院御园。然而，却得到了御园并不能自由行动的回复。在这之后也再也联络不上御园了。真昼他们担心着御园，到有栖院家寻找答案。——有栖院家所掩盖着的过去、被封印的御园的记忆，即将解开。