- 二十世纪最后的夏天。那一天，人类终于知道自己并非地球这颗行星唯一的统治者。 巨型生物「怪兽」，以及驱逐怪兽的终极存在「哥斯拉」出现了。经历与怪兽之间长达半个世纪的战争，人类屡战屡败，最终计划逃出地球。2048年，经过中央政府管理的人工智能筛选，一部分人类乘坐跨恒星移民飞船「阿拉特拉姆」号踏上了前往11.9光年之外的「鲸鱼座τ星e」的旅程。然而，人类花费20年所抵达的星球与地球之间的环境差距远超预期，不适宜人类生存。 移民飞船上有一名青年——晴雄。4岁的时候，他亲眼目睹父母被哥斯拉杀害。20年来他始终想着回到地球消灭哥斯拉。移民的可能性已经灰飞烟灭，飞船内的生存环境也越发恶劣，以晴雄为中心的「重返地球派」成为主流，他们决定经过危险的长距离亚空间航行返回地球。 然而，地球经过2万年的演化已经形成了以哥斯拉为顶端的生态体系，完全成为了一个未知世界。 最终人类能否夺回地球？晴雄的命运又将如何？
- 故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中。另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一 配音）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设施内部。之后，在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内，发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架，而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里。
- 技术拙劣的猎龙人少年「拉格纳」与龙族讨伐数无人能及的天才少女「蕾欧妮卡」搭档，每天致力于狩猎龙族。拉格纳只有一个心愿──「就算无法变强也无所谓，希望能永远待在蕾欧身边。」然而他的想法，却因为拥有前所未见之强大力量的「上位龙」的袭击而化为泡影。在大敌当前之际，拉格纳的脑海中浮现起这几天一直令他苦恼不已的恶梦──那是虽然获得了最强大的力量，却早已没有任何必须守护的事物，活在充满绝望与孤独的未来中的自己的身影。未来的自己交给他的东西是什么，现在的自己又该选择什么样的道路。然后，拉格纳将与充满谜团的新搭档「绯红」一起为回避绝望的未来踏出第一步。他将挑战的是，绝对性的强者。他将对抗的，是被强制的命运。朝向极限的彼方前进。一场极限之战就此开始了！
