- 川陕总督卓仲廉（胡晓光 饰）的孙子卓一航（黄晓明 饰）刚刚成为武当派的新掌门人，逢此良机，他奉紫阳道长（于承惠 饰）之命前往京城进奉红丸。谁知魏忠贤（倪大宏 饰）从中作梗，用假红丸毒死登基不久的明光宗，之后把持朝政，派出锦衣卫追杀卓一航。与此同时，川陕副将金独异（赵文卓 饰）图谋害死卓仲廉，栽赃于救助灾民的魔教女子玉罗刹练霓裳（范冰冰 饰）。混战中有过一面之缘的练霓裳和卓一航再度相逢，并坠入爱河。然而好景不长，锦衣卫的魔爪分别伸向练霓裳所在的明月寨以及卓一航所在的武当山，有情之人被迫分离。为免除武当覆灭之难，卓一航只得忍辱负重归顺阉党。不久，锦衣卫攻入明月寨，指出练霓裳就是杀死川陕总督卓仲廉的凶手，卓一航为查明真相只身前往京城。练霓裳听闻卓一航归顺朝廷并另娶娇妻的消息，一时悲愤交集，一夜间黑发尽数变白发。
- 黄飞鸿（赵文卓 饰）夺得狮王争霸金牌后飘然而去，一时间广东会馆高朋云集纷纷做贺，八旗将军府副都统阿兰成都（陈继铭 饰）大人登门拜访，原来八国联军欲使用各自的巨型赛狮挑战清廷，为维护国体，黄飞鸿决定出战与阿兰将军共赴国难。梁宽（莫少聪 饰）再度惹下事端被黄飞鸿驱逐，无奈只得与鬼脚七（熊欣欣 饰）等找到在北京办报的十四姨（王静莹 饰）求助，黄飞鸿亦赶到报馆，却与十四姨卷入了红灯照在租界内屠杀洋人的事端，黄飞鸿出手救人，与红灯照大师姐苗三娘（王菁华 饰）一同被德国兵士关押拷打。越狱而出的黄飞鸿从红灯照手中救出了众亲人，然而却因此错过了赛狮，阿兰成都将军孤身战死。黄飞鸿为国为友，满腔豪情二次挑战八国巨狮……
- 时为八国联军攻占北京，国内进入无政府状态，南方沿海一带更成海盗盘踞的地方，其中以张保仔（易天雄 饰）势力最大。与八国群狮力战后，黄飞鸿（赵文卓 饰）带同父亲、徒弟及十四姨等南归广州，与等候多时的十三姨（关之琳 饰）、猪肉荣（郑则仕 饰）、牙擦苏（郭晋安 饰）于乱世中重逢，实在别有一番滋味；期间，十三姨与十四姨（王静莹 饰）竟为讨黄飞鸿欢心闹出不少笑话。不久，黄飞鸿擒得一贼谢四宝，以图押送到衙门，此际他才发现大老爷早已弃官而逃，从中了解谢四宝乃衙中名捕，他冒险偷粮的目的只是拟作差饷发放，以振军心维持法纪，黄有感其为人豪气万丈，遂鼎力支持打击海盗活动，并大举直捣海盗巢穴鳌头堡，与传奇人物张保仔拼一死战。
