黄飞鸿（赵文卓 饰）夺得狮王争霸金牌后飘然而去，一时间广东会馆高朋云集纷纷做贺，八旗将军府副都统阿兰成都（陈继铭 饰）大人登门拜访，原来八国联军欲使用各自的巨型赛狮挑战清廷，为维护国体，黄飞鸿决定出战与阿兰将军共赴国难。梁宽（莫少聪 饰）再度惹下事端被黄飞鸿驱逐，无奈只得与鬼脚七（熊欣欣 饰）等找到在北京办报的十四姨（王静莹 饰）求助，黄飞鸿亦赶到报馆，却与十四姨卷入了红灯照在租界内屠杀洋人的事端，黄飞鸿出手救人，与红灯照大师姐苗三娘（王菁华 饰）一同被德国兵士关押拷打。越狱而出的黄飞鸿从红灯照手中救出了众亲人，然而却因此错过了赛狮，阿兰成都将军孤身战死。黄飞鸿为国为友，满腔豪情二次挑战八国巨狮……

国家安全局特种部队培训出的特工小组组员叶飞（李宁饰）、干妈（郑则仕饰）、超人（许志安饰）、钢条（郭晋安饰）、一休（熊欣欣饰）、小不点（徐濠莹饰）、马龙（刘德饰）号称“七金刚”，长驻香港，专门完成高难度的军事任务。私底下七人亦是从小一起长大的孤儿，患难与共的好兄弟，一起经营餐厅生意。一日七人从严军长处接到任务，要负责破坏一个已在香港向美国买军火再高价卖给恐怖分子的中国高级军官的交易，并且要拿到交易磁盘的任务。七人布置好局，卧底等待。一日叶飞在河边偶遇一神秘的长发女子方盈（杨紫琼饰），二人结下不解之缘。而就在执行任务的当日，突然发生意外.....

李嘉玲乃潮州李家村之女，由于她天赋特异功能，国家高干特派她往香港执行伤务。当李嘉玲所参加的旅行团经过乱葬岗时，因触怒恶鬼而弄得车毁人亡，除李嘉玲幸免外，所有团友也被亡魂附体。在香港，接应李嘉玲的人乃道士马九英，由于二人素未谋面，故弄至笑话百出。这时候，团中亡魂李炳已成恶毒鬼王，在港招兵买马，马九英与李嘉玲乃正义之士，遂联手消灭群魔，二人正当手刃鬼王时，正值凶时已至，鬼王魔力大增，经过一轮火拼，马九英与李嘉玲险胜而归。

20世纪20年代，时局动荡，天下大乱，华夏大地无有一片宁静之所。群雄并起，军阀混战。军阀少帅侯杰（刘德华 饰）纵横捭阖，骄横跋扈，视平民如草芥，却难逃自身劫数。正所谓城头变换大王旗，侯杰转眼间辉煌不在，副官曹蛮（谢霆锋 饰）伺机上位、妻子颜夕（范冰冰 饰）离去、女儿身亡，种种打击令这个昔日的乱世修罗万念俱灰。落魄至少林寺期间，侯杰先后结识悟道（成龙 饰）、净能（吴京 饰）、净海（余少群 饰）、净空（释行宇 饰）等僧众，并慢慢领悟了宿世的罪障因果，遂放下贪嗔痴慢疑之心，诚心向佛。与此同时，更大的磨难正向少林袭来。

白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹 饰）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰 饰）、十三姨（关之琳 饰）与梁宽（莫少聪 饰）异常气愤。在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林 饰）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智未开，不惜与纳兰元述决一死战。