从小被喇嘛收养的刘曦（吴京饰），跟随养父吉祥（洪金宝饰）护送“贡佛天珠”，怎料途中被一群神秘人偷去。吉祥怀疑事件与多年前销声匿迹的“双子门”有关，于是找到了当年的校长常忠（元华饰）。 为了尽快找到丢失的天珠，吉祥以及常忠决定重组“双子门”，从马戏团找回双胞胎姐妹珍珠（蔡卓妍饰）、宝珠（钟欣桐饰）以及其余学生。 苦苦追寻终于发现天珠下落，与一班似乎同是“双子门”的人大打出手。刘曦最后抢到了“天珠”，却误交给常忠弟弟，常勇。 同时也发现了更多的秘密。

临近退休年龄的警署运输车辆警长林国权（任达华 饰）负责管理警队车辆、司机日常出勤及维修事物，在他与好朋友、刑事侦缉督察肥威骆华威（林雪 饰）、好徒弟李育勤平日生活中，也频遇诡异街头罪案。厕所追杀案、黑道假钞纠纷、蛋挞店冷血杀父案都让他们成功攻破立下奇功。因对儿子的爱，使热爱刑侦工作的林国权选择放弃隐退幕后。当他放下一切顾忌后，雄心再起，选择重回行动组，在他的影响下，好徒弟警员司机李育勤也突破心魔、实践理想，在一起银行抢劫枪战案中表现出色，并下定决心向着飞虎队员的方向前进……

小酒吧老板天民（古天乐 饰）把醉酒女孩小云（佟丽娅 饰）送回家时云见到男友George（谢天华 饰）竟拼命挣扎，哀求天民带走她。无奈天明只得将其送往干妈家中休息。翌日，小云请求天民和其弟少聪（余文乐 饰）帮忙向George取回证件欲离开香港，两人答应帮忙，期间却遭黑帮（张孝全 饰）埋伏，三人只好一同逃命。 事发之后，天民酒吧被黑帮骚扰、少聪的士也被恶意破坏，两人无可奈何，更不知道自己已被卷入涉及巨额黑金的斗争之中，只能奋力一战……

摆渡人是城市里的超级英雄，摆渡就是把人从痛苦中解救出来。用快乐和温暖，抵抗这个世界的悲伤。 酒吧老板陈末（梁朝伟 饰）和合伙人管春（金城武 饰）就是这座城市的“金牌摆渡人”，他们平时看起来吊儿郎当，却从不对每位需要帮助的人说拒绝，只要你“预约摆渡”，刀山火海都会“使命必达”。邻居女孩小玉（杨颖 饰）为了偶像马力（陈奕迅 饰），预约了他们的服务，但在帮助小玉挑战整个城市的过程中，陈末和管春也逐渐发现了自己躲不过的问题。从欢天喜地的生活，到惊天动地的疯狂，摆渡人最辉煌的篇章，从这里开启。

马来西亚发生高危的变种传染病，医生大胆给自愿病人使用未经官方认可的新药。当地一新闻记者突然堕楼身亡，接连药业公司AMANAH的创办人兼董事长的儿子离奇自杀后，其妻急赴香港，警长李永勤与香港警察王大伟合作追查。王大伟收到一条视频，里面自称“泄密者”的神秘组织透露了药业界的黑幕，更指控AMANAH藉着瘟疫大发灾难财。“泄密者”邀约香港日报记者阮嘉岚会面。李永勤和王大伟追踪到阮嘉岚与泄密者的见面地点⋯⋯