海关督察Minnie发现大批毒品运抵香港，率众侦查。想不到毒贩拥有重型军火，警方伤亡惨重。飞虎队队长奉召到场支持。飞虎队队长指出海关没有应付悍匪的能力，Minnie认为受到歧视，锲而不舍地追查，再遭毒贩重创。上司不满Minnie不顾安危的做法，但飞虎队队长目睹Minnie事事亲力亲为，对她大为改观。飞虎队进攻毒贩藏身的货仓，但另一队神秘的悍匪捷足先登。他们配备的武器竟比飞虎队更厉害，飞虎队猝不提防，导致警方伤亡，事件也令高层震惊。

闻名赌坛的“魔术手”石一坚（周润发 饰）在参加好友龙叔（姜大卫 饰）的海上生日派对时，突遭来路不明的女杀手伏击，后得知她们受旧敌D.O.A组织派来灭口，而她们的目标不仅是杀死石一坚，更要捉拿携组织一百五十亿美元资金潜逃的会计小马（张家辉 饰）。 为保护小马及粉碎D.O.A的阴谋，石一坚与徒弟Vincent（余文乐 饰）前往泰国，结果与小马及其女儿初一（王诗龄 饰）结成患难拍档，并经历一连串奇遇；期间，石一坚还与旧情人莫愁（刘嘉玲 饰）重逢，两人再续前缘。但让众人始料未及的是，这时D.O.A已布下了一个更大的圈套……