《夜之小双侠》以系列作品中的反派角色“杜伦布贼党”的后裔为主人公。小双侠在打败杜伦布后所建立的王国并非如此美好，相反地却让人民饱受苦难。新生杜伦布的首领继承了多龙芝之名，向小双侠发动了复仇…

某宇宙深处的某银河，天空漂浮着月亮的行星阿斯达穆。拥有月亮的城市穆尼斯（mooneyes）科技高度发达，象征着阿斯达穆人的梦与希望。阿斯达穆人梦想着有一日能登上月球…在阿斯达穆，有一种被称为「Big Foot」的大型机械人可用作各种用途，对人们生活帮助很大。而今，世界各地的人们更热衷于驾驶竞技用Big Foot在竞技场进行一种名为BFB的体育比赛。住在阿斯达穆一个名叫罗林古镇上的丹，与朋友在这条街上热闹的生活着。街道上因举行BFB初赛而热闹非常，丹对此却非常厌恶。丹的妹妹可可就是因Big Foot引起的事故而导致双腿不能行走。在此期间丹遇到了一位少女，并被她带上Big Foot。Big Foot能够行走、飞行、自由活动。不知不觉间让丹展开了笑容。而且，对驾驶Big Foot的感觉不能忘怀的丹去观看了比赛。比赛开始。但是，电视中观看比赛和现场感觉相差甚远，有些无聊缺乏震撼力…丹开始着急起来。而且，丹心中复苏的某种Big Foot感觉…从此丹的传说开始了！

故事的舞台为近未来时期，日本列岛西南方的“碧岛”。这座岛屿被五大财阀之一的“东江”买下，约1/3改造成宏大的娱乐设施“白金牢笼”。许多人受东江的巨额补偿搬向其他地方，残留下的居民仍旧居住在“旧住民区”。 在旧住民区商店“平凡”打工的濑良垣苍叶，和外婆及犬型智能伴侣——莲——一起生活，过着还算平静的日子。 但他从以前开始，就受原因不明的头痛困扰。同时，大批倾慕他声音的人时不时的电话骚扰也让人烦不胜烦。这天，接到订单去送货的苍叶，在路上不知为何被卷入了异空间中，被迫和怪异的东西战斗——