故事开始于圆明园。深夜，一宫女在一太医掩护下，偷袭了雍正的寝宫……雍正暴死，人头丢了。下葬时用一颗金头代替。乾隆继位，立即多方秘密追查刺杀雍正之人。几番搜查之后，雍正时期文字狱的最大冤主吕留良家族的唯一活口吕四娘被认为正是割走雍正人头之人。

本剧的导演袁祥仁是香港著名的"和平电影公司"的台柱子，他作为武术导演，指导过的电影《新龙门客栈》以及电视剧《水浒》、《太极宗师》等都在国内产生很大的影响。这次由他的"袁家班"来指导古装武打剧《南少林》，他独特的设计和精彩的绝活，势必回赢得广大观众欣赏和喜欢。雍正年间，闽粤地区形势动荡，"天鹰帮"敛巨资广纳武林人士，为朝廷一大腹患。南少林也被吸纳其中。雍正决定派他最得意的两位皇子--三阿哥弘时、四阿哥弘历，一文一武、一明一暗兵分两路赶赴南少林，查办天鹰帮一事。雍正命两位皇阿哥出马，意在考察此二人谁可担当国家大任，继承帝业。而两位皇子更是机敏过人，深明雍正之用意。二人为取悦龙颜，呈功于雍正，便使出浑身解数查办天鹰帮与南少林。在此过程中，心狠手辣的弘时视弘历为眼中钉，多次派人暗下毒手，索取弘历性命，以除心头之患。侠肝义胆的南少林俗家弟子方世玉出手相助，帮弘历逃过一次次劫难和迫害。二人遂结为好友。而弘时在泉州暗中网罗闽浙总督张信德与其手下，结党营私。他以查办天鹰帮为名，大开杀戒，铲除异己。

讲述在一个妖孽横行乱象频生的时代，为了世间安危，众江湖人士为寻找强大秘密武器击败天外来客的故事。

宦官弄权的明朝末年，苛税与暴政弄得民不聊生，张君宝与董天宝是一对自幼在少林寺长大的师兄弟，但两人性格迥异，张君宝善良忠厚，董天宝则狡猾阴险，在争夺进入达摩院修行的资格时，两人因与师伯发生争执被逐出少林。出寺后，两人因志向渐不同而分道扬镳，董天宝贪图荣华参军，张君宝则与一群仁人志士一起劫富济贫。为求高官，董天宝向大宦官刘瑾出卖大批旧友，一时间血流成河。为替义士报仇，也为帮民除害，张君宝在秋雪的帮助下，从其师傅的气功心法中悟出一套武林奇功“太极拳”，开始勤加练习，准备不日与敌手来场血战。

游侠儿（姜大卫）武功高強，游戏人间，锄强扶弱，劫富济贫，往往连自已的银子都散给灾民。一日，游侠儿无意中救了威胜镖局总镖头的妹妹江灵（李丽丽），得知其兄江威正保运一批价值连城的珍宝，而行踪已被黑道高手孔武（张佩山）发觉。途中，游遇上孔，二人交手，武功相敌。孔向游伪称是自己人，和过天云等是大河六侠，专门劫富济贫，欺骗游和他们一起劫镖。得手后，游才知上了贼人的当，一定要把珍宝找回，与众人激斗，身受重伤……