警队精英吕明哲 （刘德华 饰） 为逮捕犯罪团伙头目曹楠 （胡军 饰） 处心积虑且不择手段，几欲到手之际竟被儿时好友、惯犯陶成邦 （林家栋 饰） 搅局。陶成邦为赢回对其品行彻底失望的女友燕冰 （姚晨 饰），求吕明哲为其过往捏造卧底身份，并助其破案，最后甚至不惜出卖同伙。风暴过后，二人却惊觉更陷浑沌…… 

　　制片方此前为这部年度动作大片准备了多个名字，但直到发布会前不久才最终确定片名为《特殊身份》，对此片方表示，是因为这个名字最符合影片的神秘气质。为了能够呈现出最佳的视听效果，《特殊身份》邀请到了曾拍摄过多部经典动作戏的香港知名导演霍耀良、奥斯卡金像奖摄影指导鲍德熹、素有“车神”之称的著名飞车指导罗礼贤参与该片制作。

闻名赌坛的“魔术手”石一坚（周润发 饰）在参加好友龙叔（姜大卫 饰）的海上生日派对时，突遭来路不明的女杀手伏击，后得知她们受旧敌D.O.A组织派来灭口，而她们的目标不仅是杀死石一坚，更要捉拿携组织一百五十亿美元资金潜逃的会计小马（张家辉 饰）。 为保护小马及粉碎D.O.A的阴谋，石一坚与徒弟Vincent（余文乐 饰）前往泰国，结果与小马及其女儿初一（王诗龄 饰）结成患难拍档，并经历一连串奇遇；期间，石一坚还与旧情人莫愁（刘嘉玲 饰）重逢，两人再续前缘。但让众人始料未及的是，这时D.O.A已布下了一个更大的圈套……

香港卧底探员志杰（吴京 饰）不惜变成瘾君子，潜伏犯罪集团侦查幕后主脑洪先生（古天乐 饰）；直属上司兼叔父华哥（任达华 饰）决定终止行动，志杰却身份败露且人间蒸发。华哥违抗命令私自搜寻，辗转得悉志杰已被关进泰国某监狱，遂只身前赴营救。 泰国警察阿猜（托尼·贾 饰）为筹钱医治患血癌的女儿转任狱警，负责看管志杰。志杰与阿猜语言不通、身份对立，却竟是唯一可拯救阿猜女儿的骨髓捐赠者，阿猜必须保住志杰的性命；但狱长（张晋 饰）为确保幕后交易运作畅正常，必须铲除志杰。 身体虚弱的洪先生带同胞弟（恭硕良 饰）突然出现，准备进行心脏移植手术自救；原来整个监狱是洪先生操控的活人体器官供应市场……

一日，眼部受伤的女人突然出现在廉政公署总部，扬言要控告商业罪案调查科警司黄文彬（林家栋 饰）贪污，廉政公署执行处首席调查主任陆志廉（古天乐 饰）与队员接手调查，在追查过程中，陆志廉发现事情并不简单，因为身为警司的黄文彬在执行职务时，不止没有阻止罪案发生，更利用职权参与犯罪。 正当调查渐渐有头绪时，重要证人一个一个被杀，包括罗德永（卢海鹏 饰），所有线索以及证据亦告失去，但有勇有谋的陆志廉并未放弃，随着神秘少女Angel（陈静 饰）的出现，他发现律师胡志勇（王敏德 饰）与“关怀基金”主席徐怀景（骆应钧 饰）有不可告人的秘密。 陆志廉今次将要面对一个庞大的贪污集团：当中包括了退休高官、警队高层、商界富豪、资深律师、会计师等，事件更牵涉到香港政府用作扶贫的150亿“关怀基金”……