星星球机器人感染木马程序开始伤害人类，由于这种木马程序年代久远，只有过去的时空才能研发出来，于是开心超人回到过去的灵光星，寻找能清除木马程序的和平代码。但没想到的是，开心超人居然回到了和平代码还没有研发成功的时空，此时人类与机器人处于矛盾大爆发的时候…...

五超人和伽罗在潮博士的请求下，前去拯救被黑煞统治的平行时空的星星球。然而面对十分强大的黑煞，超人们毫无招架之力。在得知只有开天辟地斧能打败黑煞后，超人们和伽罗以及潮博士一起踏上了寻找开天辟地斧的冒险之旅。

超人联盟缴获了一个预言球，预言球预言星星球谜瑞岛的人鱼公主会变成泡沫消失，并引起星星球海洋危机。五超人接到超人联盟的任务，前往谜瑞岛人鱼部落阻止预言发生。没想到魔法师乐呵呵还是夺走了人鱼公主的歌声，让人鱼公主变成了泡沫，超人们未能阻止预言的发生。最后不放弃的超人们合力打败了乐呵呵，救回了已经变成泡沫的人鱼公主，同时拯救了海洋世界。

星星球的人们发现了一个新星球（古灵星），它是一颗神秘的星球，上面蕴含着各种神秘的资源。校长和博士率领五个超人去探险，他们无意中探入了古灵星的地下城，探秘失落的文明。灰心星球司令派大小怪在探险队卧底，随时窃取探险（即能源石）的成果，并带回灰心星球。超人们一边应付新环境，一边应付来自暗处的各种破坏。《开心宝贝之古灵星历险记》为《开心宝贝》系列第六部，整部动画延续了前几部的诙谐幽默。

五超人在执行任务中，意外发现体内暗藏了能控制他们的程序代码，在调查过程中，超人们发现所有的线索都指向了宇宙开发集团-五金公司。超人们为了解开谜题，踏上了寻找真相之路，五金公司的阴谋也逐渐浮出水面。原来，五金公司曾经拥有过诞生超人们的超能机械石，并试图将超人改造成为自己的武器，从而称霸宇宙。超人们得知真相后，合力摧毁了五金公司，解决了宇宙的危机。