U.C.0079年.3月。 天空中突然降下无数的飞行物。 并且，飞行物也带来了战斗兵器的袭击。 第1次面对巨大的「机动战士」地球联邦的反抗是那么的无力。 地球的势力图也由于吉翁公国的强大地面压制，被很大地改写。 那时，联邦军对抗机动战士的兵器，只有61式坦克，并且，对抗MS的武器也就只有"Regina"重诱导弹。 U.C.0079年.4月。 在面对吉翁军的攻势不得已撤退的联邦军中，对抗MS最拿手的技术兵排指挥官兼第1分队长-巴伯利中尉接到命令，要求重新组织起抵抗MS的战线。

故事的舞台是离今稍微远点的未来。 　　世界上正流行这一种感染后在60天之内就会石化，死亡率高达100%的奇病“美杜莎”。为了在未来寻求这种在全世界爆发的不治之症的治疗方法，于是决定将Cold sleep（冷冻睡眠，简称CS，是指将人体保存在低温状态让人保持沉睡的状态，防止人的身体随着时间老化的一种方法。多见于SF作品之中。）投入实用了。少女霞从众多的人中脱颖而出成为了世界上仅有的160个拥有CS资格的人。他们在苏格兰的古城中制造出来的Cold sleep capsule center（冷冻睡眠胶囊中心，简称CSCC，如字面上的意思进行冷冻睡眠的地方。）中进入了不知道何时才会醒来的长眠。霞想着肯定再也无法与和自己同样感染了“美杜莎”却没有被选上的双胞胎姐姐见面了，眼泪不禁的流落了下来……