警队的“绝密档案”，是指至今仍未侦破，科学查证又不能合理解释的悬疑案件。阳任职警察部专案小组十多年，对这些谜题甚感兴趣，奈何职权所限，遂决定与好友Judy请辞警队并成立天眼研究所。成立第一天，一位神秘人物出现，提供经费并留下Helen的失踪档案。经调查后，二人发现Helen与失落文明玛雅文化有关，考古学家推论这文明乃外星人所建立，更与末日预言扯上关系。

方家两兄弟龙进（陈晓东 饰）和龙就（吴镇宇 饰）自小就在外婆家相依为命，然而，在龙就8岁的时候，他做了一件所有人看来都不可思议和不能原谅的事：小龙就拿了外婆家里的5万块钱，之后失踪了。哥哥的离去一直令龙进耿耿于怀，其一是因为他拿走了外婆的5万块钱，但更多的是对他不辞而别抛弃自己而不解。 一晃数年过去了，龙进已经长大成人，还结交了一个要好的女友Jess（吴佩慈 饰）；另一方面，龙就已是泰国黑帮的一员，还和黑帮兄弟王一（王杰 饰）的妹妹阿雪（梁咏琪 饰）相恋了。外婆过世后，龙进终于有机会去解开他多年的心结，于是，他带着Jess踏上前往泰国寻找龙就的航班。

十多年前，退休警员孟金(洪金宝 饰)收养了阿芬(陈松伶 饰)、阿志(王合喜 饰)、阿伟(李炜尚 饰)、阿恩(卢淑仪 饰)和阿杰(唐家辉 饰)，五人皆是没人理会或家庭背境有问题的少年。金叔教授他们各种在警队里学到的知识和技巧，目的把他们训练成为出色的杀手。 金叔还未退休时，眼看很多被自己拘捕的罪犯因证据不足或有人顶替认罪，而大摇大摆的从法院走出来。金叔心想既然现有法律不能惩罚那些人，只好由自己来充当罪犯的处刑者了。