理应意外身亡的青年，以婴儿姿态转世到了异世界!?接着他被称为「贤者」的男人──梅林捡回家收养，取名为「西恩」。西恩在贤者身边学习魔法，并顺利地成长，然而，他有一个致命的问题……没错，西恩十五岁时，梅林说了──「老夫忘记教常识了」!!「毫无常识」且「规格外」的主角所呈献，异世界奇幻生活开幕！

小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…… 另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500 年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为 “魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯尼恩与玛机雅娜又有着怎样的渊源？他们要如何共同对抗贾维斯拯救阿佐特王国？玛机雅娜的最终命运又将如何结局？一场精灵宝可梦史上最伟大的战役即将展开！

作为游戏之神的未门友牙，继父亲牙王之后也踏上了玩Buddyfight卡牌游戏的道路，与传说中的战斗之神—巨神龙组成了搭档。通过与朋友加古川兰玛一起策划的RanGa频道，结识了许多志同道合的斗士。所有人都在为了日本第一斗士的荣耀奋勇前进，然而与此同时危险也在靠近……感到背叛的兰玛拆开了自己的卡包，与邪恶意图向诸神复仇的毁灭者组成联盟，成为了友牙等人的最大阻碍！

故事的舞台是离今稍微远点的未来。 　　世界上正流行这一种感染后在60天之内就会石化，死亡率高达100%的奇病“美杜莎”。为了在未来寻求这种在全世界爆发的不治之症的治疗方法，于是决定将Cold sleep（冷冻睡眠，简称CS，是指将人体保存在低温状态让人保持沉睡的状态，防止人的身体随着时间老化的一种方法。多见于SF作品之中。）投入实用了。少女霞从众多的人中脱颖而出成为了世界上仅有的160个拥有CS资格的人。他们在苏格兰的古城中制造出来的Cold sleep capsule center（冷冻睡眠胶囊中心，简称CSCC，如字面上的意思进行冷冻睡眠的地方。）中进入了不知道何时才会醒来的长眠。霞想着肯定再也无法与和自己同样感染了“美杜莎”却没有被选上的双胞胎姐姐见面了，眼泪不禁的流落了下来……