美国唐人街鬼影帮成员陈积奇，在美国跟组织不和，回港想跟律政署合作，声称偷了鬼影帮东南亚帮员名单，要得到政府保护的同时，还向鬼影帮香港首领马齐（戴志伟 饰）勒索。陈积奇下飞机，就被马齐派人劫走。律政署怕警方有鬼影帮渗入，遂派两个武功高强的女子“蓝天使”前往营救。尤丽（李赛凤 饰），艾美（元红 饰）不负所托，救回积奇。积奇透露香港夜总会大亨朱仲声（梁家仁 饰）可能是鬼影帮东亚地区幕后黑手，为了搜集证据，尤丽便混入朱仲声的夜总会。尤丽在夜总会遇到杀手米高（刘家辉 饰），米高十分喜欢尤丽，对她多加照顾。朱仲声女儿则十分不满，可是不能遏止米高对尤丽的爱意。经过连场激战，尤丽找到朱仲声的犯罪证据，并将其之绳之于法，米高也于保护尤丽时牺牲。

毒枭韩山（王伟 饰）和齐仁（刘兆铭 饰）约定在青龙水上乐园进行毒品交易，得到线报的警察暗地潜伏，如果行动成功的话，他们便能够将两大团伙的头目一举拿下。哪知道，就在这个节骨眼上，出现了神秘人物齐越（吕良伟 饰）和秦冰（李赛凤 饰），导致警方的计划暴露，行动失败。韩山认为是齐仁走漏了消息，将他打死。这令齐越发誓一定要为父亲报仇。赵成（吴镇宇 饰）本是韩山的部下，却起了僭越之心，逼迫韩山退位让贤。胡坚和燕虎（陈惠敏 饰）忠心护主，却都落得了惨死的下场。临死前，燕虎将组里的情报告诉了警方，警方派出得力干将唐枫（胡慧中 饰）试图将赵成的黑恶势力捣破。

舞女丧婆（吴家丽 饰），不幸染上毒瘾，被卧底警察阿勇（刘德华 饰）协助她戒毒。两人感情激增之时，阿勇被黑道大哥杀死，丧婆替他报仇而入狱。不料黑社会小头目竟逼其女友马玉凤（马斯晨 饰）进入狱中暗杀丧婆。马玉凤身材瘦小，甫入狱便遭人欺负，屡屡为丧婆出手相救，后来马玉凤知道丧婆是她的暗杀对象时已下不了手。

在一个空房间内，军火走私商陈飞虎打死了一个暴露了身份的同伙后，又想对前来的特警雷囊下毒手，他命令手下占美干掉雷鹏，而占美是早已被派在匪窝里卧底的特警。紧急关头，占美把自己腰间的手枪扔给雷鹏，两人共同与匪徒进行枪战。这时另一走私商周其发乘直升飞机救走了陈飞虎。 与雷鹏青梅竹马的女友丽娜为了给病重的妹妹治病，不得已向周其发卖身借债。而周其发为了达到长期占有丽娜的目的，引诱她吸毒，使其陷入毒品之中不能自拔。 周其发设阴谋突然袭击军火商黎亨利的海上运货船，妄图发一笔不义之财。黎亨利的助理、香港女特警伊安琪不幸受伤，雷鹏到医院去看望她。伊安琪对雷鹏一往情深，而雷鹏却不由想起了丽娜，并深为丽娜的处境担忧。 丽娜对自己身陷白粉深渊而痛苦万分，她决心戒毒，在雷鹏的帮助下，住进了医院。这一切被周其发知道，他把丽娜挟持回家，百般拷打。雷鹏愤怒万分，冲进来救丽娜。不料周其发早有准备，他把丽娜推下楼摔死，布置杀手要将雷鹏置于死地。 经过一场枪林弹雨，雷鹏掩埋了丽娜，杀出重围。在机场遇到伊安琪，伊受命与雷一道追踪周其发。 占美改行当了演员，雷劝其为了工作重新加入特警队伍。一天，周其发派人开车冲入拍片现场．企图杀死雷鹏和伊安琪。占美和雷、伊开车迎战，被引入周其发布置的陷阱，在激烈的战斗中，占美为掩护雷鹏献出了生命。雷鹏、伊安琪奋力拼杀，最终制服了周其发这伙歹徒。

《飞虎之潜行极战》是由优酷与邵氏兄弟国际影业联手打造的警匪片，以香港飞虎队为主题，讲述了面对多宗香港以及跨国严重罪案，飞虎队员们将与匪徒斗智斗勇的故事。爆破、枪击、警匪间斗智斗力、荷枪实弹的场面惊险刺激，酷帅的打斗激动人心。高家朗是英勇的飞虎队员，而高家俊则是一个高级督察，同时也是高家朗同父异母的弟弟，两人不仅在工作中，情感上也是矛盾重重。性格迥异的两人一开始互相看不顺眼，在查案的过程中逐渐冰释前嫌。