明朝天启年间，左都御史杨涟因得罪魏忠贤含冤入狱，魏忠贤授意东厂及锦衣卫秘密将杨家灭门，徐长卿受王冬青所托秘密救援杨涟孙女杨紫萱，长卿舍身护送紫萱从应山府逃到龙泉村同仁医馆投靠刘谦，刘谦感念恩师杨涟恩情，将紫萱收作关门弟子细心照顾并传授其医学知识，此后几个人将医馆生意打理的井井有条，没想到却引来同行郎中吴南星的嫉妒，最后惊动魏忠贤党羽，魏忠贤得知杨紫萱踪迹派出多批杀手奔医馆而来，只为将杨家孤女紫萱和账本（杨涟所留魏忠贤通敌）一同斩草除根……江湖风云又起。在韩佩兰徐长卿等人保护下刘谦紫萱准备开始转移，不料突遇梅李庄传来瘟疫，刘谦不惧生死多次救护军民百姓。最后，在刘谦和诚王和王冬青等人的鼎力帮助下，瘟疫得到控制，刘谦也赢来“侠医”称号，大太监魏忠贤终被扳倒，杨涟被崇祯皇帝平反并追封“忠烈”。

长公主李雁初为给皇帝弟弟培养朝廷鹰犬，从法场之上救下韩恕，培养韩恕，在自己病入膏肓之时，设计自己的死亡，来让韩恕忠心不二辅佐李颉。三年后，李雁初重生到了谢于归身上，发现自己生前病重竟是被人投毒所致，于是展开查探，却再度与性格大变的韩恕纠缠上……

百年前，玉须仙师封印八州异兽，西南神木化为枯木（化作灵源）。大赵王朝四十年，往生邪教顾念彤欲破仙师封印，炼祭神木化作树妖，荼毒生灵。为此，先帝特诏镇魔司隐监唐凌风等人，挥师西南平定妖邪。而降服树妖需要公输家所创机关巨兽，驱动巨兽的办法则是《鲁班全书》中记载的“灵源秘术”，这也因此牵连出十几年前唐家与公输家、镇魔司的血仇恩怨，数十年前，公输家为求《鲁班全书》屠尽唐家满门，侥幸逃生年仅八岁的唐凌风被镇魔司统领张谦带回镇魔司抚养，唐凌峰在此结识了陆隐、陆瞳兄妹，三人亲若兄妹，并一同通过严格考核，成为隐监成员，而随着唐凌风身世揭开，唐凌风与陆隐、陆瞳兄妹关系发生变化，三人也悄然落入公输家的阴谋中。

音乐学生顾之谣穿越到凤耀国年，组乐团开班赚钱，引四大美男倾心。沈今墨，俊美高强，被诬叛国之子，艰辛成长寻仇。顾之谣助沈今墨揭开真相，两人互生情愫。

大赵王朝元武十二年，魔教再度肆虐惑乱众生，加之时逢天灾，百姓苦不堪言。镇魔司统领张谦死谏面圣，皇帝赵许命国师莫凡卜卦得出魔教总舵位置，遂命镇魔司前往清剿。张谦早已得知冀州魔教巢穴不过是莫凡捏造的幌子，而魔教巢穴实则在幽州，遂密令萧震带领花无常、宁无谋、关闯三位同僚奇袭幽州总舵，从而揭露莫凡谎言，挽回皇帝信任，扳倒国师重整朝纲。镇魔司四人团通力配合，成功混入魔教总坛，击败魔将白狼、黑羽，并救下一神秘的药人女孩。女孩与萧震似乎有种关联和感应，能克制萧震的魔功反噬，四人决定带上女孩回镇魔司，然而这一切都被教主北傲关注着，一场阴谋诡谲滋生。镇魔司四人历经艰险，面临责任与情感的取舍，会做出如何抉择？