本片讲述在东京前往盛冈一趟疾驰的列车上，有五个刺客、杀手，他们发现各自的任务其实有着关联，于是问题来了：谁能活着下车？终点站有什么在等着他们？

一名因背负了复杂过去而隐忍的独行者，代号蛇眼，一次偶然，他救下了岚影一族的准接班人，从而被邀请加入他们在日本的组织。在那里，岚影一族不但教会了蛇眼如何成为一名忍者，也给了他一直想要的一个家。但当蛇眼过去的秘密被逐渐揭开，他的信誉以及对组织的忠诚也将受到考验，即便这会使他失去最亲近的人的信任。特种部队原著中的经典角色也将在《特种部队：蛇眼起源》中一一亮相。