在雅加达的贫民窟的深处，世界上最危险的杀手和黑帮集结在一个坚不可摧的房子内。到现在为止，破旧的公寓甚至被神勇的警察也视为无法接近的。在黎明前黑暗和寂静的掩护下，一个身兼重要任务精英特警队与执法人员慢慢接近了房子，以便接近臭名昭著的毒枭。但他们袭击的消息被毒枭偶然发现，接 着建筑物的灯光被切断，所有的通道被堵。这群特警必须要在世界上最残酷的环境下为生存展开搏斗。

东南亚的热带丛林，龙飞（陈虎饰）正与搭档帕于（托尼·贾饰）参加一项秘密任务，配合一个突击小队进行人道主义救援，但没想到，他们拼死救下的却是一个做恶多端令人闻风丧胆的犯罪头子柯林斯（斯科特·阿金斯饰）。柯林斯被救后，把所有知情人都锁在秘密基地的地牢里，临走时一炸了之，龙飞与帕于在生死关头逃了出来。 逃出生天的二人秘谋报仇，但想报仇的不止他们，扎卡（伊科·乌艾斯饰）的妻子在这次行动中无辜殒命，扎卡在地下拳馆见到龙飞，误认为他是凶手，以死相搏，却因伤不敌，被龙飞打昏。 龙飞和帕于好心把扎卡接到住处里休息，三人把酒言欢，没想到第二天一早，扎卡不见了，全副武装的警察却找上门来，原来扎卡举报他俩参加地下拳赛，两人被带到警察局关了起来。 中国富商的女继承人田小娴（卢靖姗饰）来到马哈扎雅推动贫民窟改造计划，但她的计划侵犯了当地黑帮的利益进而遭到追杀，田小娴被迫逃入警局，没想到警局也不是安身之地，柯林斯带着他的雇佣兵突袭警局，田小娴再度处于危险之中。正好被关在警局的龙飞识破了黑帮的计谋，和帕于一起带田小娴逃走。 黑帮血洗警局，然后栽赃给龙飞和帕于，无奈之下龙飞和帕于只好带着田小娴开始了逃亡之旅。因为黑帮的高额赏金，三人无处藏身，而这时扎卡也加入了柯林斯的队伍，敌友不明。一路历险，田小娴对龙飞和帕于建立起信任关系，扎卡也发现追杀龙飞和帕于的恶势力都是被一个姓苏的女人暗中操控着，她才是他真正的仇人。 决战时刻，扎卡加入了龙飞的阵营，三人联手对抗全部武装的柯林斯一伙……

一名因背负了复杂过去而隐忍的独行者，代号蛇眼，一次偶然，他救下了岚影一族的准接班人，从而被邀请加入他们在日本的组织。在那里，岚影一族不但教会了蛇眼如何成为一名忍者，也给了他一直想要的一个家。但当蛇眼过去的秘密被逐渐揭开，他的信誉以及对组织的忠诚也将受到考验，即便这会使他失去最亲近的人的信任。特种部队原著中的经典角色也将在《特种部队：蛇眼起源》中一一亮相。

敢死队老兵圣诞（杰森·斯坦森 饰）受到巴尼（西尔维斯特·史泰龙 饰）的邀请，参与到一场追捕在逃多年军火贩拉马特（伊科·乌艾斯 饰）的任务当中。巴尼在这次任务中牺牲，圣诞因任务失败被团队开除。吉娜（梅根·福克斯 饰）接管了圣诞的领导地位，成了“敢死队”雇佣军的新领导人。她最后一次集结队员，登上外海一艘满载核弹的货轮，开展一场阻止巨轮核弹爆炸的惊天行动。

影片设置于未来世界，讲述侦探马克(弗兰克·格里罗饰)的儿子被外星飞船吸走，而他需解救儿子，并对抗无时不在的外星生物。