一颗陨石坠落到亚利桑那州的荒漠中，在它撞击形成的溶洞内，一个与世隔绝的奇异世界正飞速形成。从单细胞到多细胞，从类鸟类到灵长类，外星生物已难以想象的速度高速进化，并开始影响人类的生存。 　　在大学任教的伊尔（大卫·杜楚尼 饰）和同事兼好友哈里（奥兰多·琼斯 饰）最早发现了陨石所带来的外星生物痕迹，并意识到其高速进化背后的危险性。在隶属军方疾病控制中心的女官员艾丽森（朱丽安·摩尔 饰）的帮助下，他们偷偷搜集数据，寻找遏制外星生物入侵的办法。

自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉却发现案件的黑暗远远超出他们的想象。这对合作多年的搭档面临着巨大的考验…… 本片为同名美剧的第二部剧场版。