自9·11事件以来，美国政府和老对手奥萨马·本·拉登展开了旷日持久的追逐战。历经两届小布什政府，本·拉登依然逍遥法外，有如幽灵一般神秘出没于中东的崇山峻岭和沙漠荒原之中。随着奥巴马政府上台，针对塔利班基地组织的新一轮歼击战旋即展开。CIA追逐前基地组织的联络员“信使”，一步步逼近狡猾警觉的本·拉登。与此同时，骡子、万人迷、樱桃等海豹六队成员押解两名恐怖分子行走在阿富汗的山间，结果遭到突如其来的袭击。不久之后，这群在袭击中痛失战友的血性男儿接到一项绝密任务，迅速启程围剿一个基地组织重要人物。

由于政治风向的转变，一位备受爱戴的美国总统，被政府内部的激进分子视作眼中钉，成为已被锁定的暗杀目标。只有影片的两位主人公能够挽救危急的态势：一 位是奥古斯塔斯吉布（塞缪尔杰克逊饰），他刚从国家安全局的最高机密总部死里逃生，正在逃避追杀而另一位是戴瑞斯斯通（艾斯库伯饰），一位战功卓著的特种 部队士兵，却正被关押在戒备森严的军事监狱里。 奥古斯塔斯在上一集中曾指导特工完成一项艰巨使命，这次他和武器专家托尼李薛佛（迈克尔路夫饰）在国家安全局的地下指挥中心遭到杀手的莫名追杀。奥古斯塔 斯怀疑这些杀手是被政府内部激进分子指派，蓄意颠覆国家政权，于是他希望物色一名特工戳穿害群之马的险恶阴谋。这名特工不仅要具备非同寻常的军事素质，而 且要绝对忠诚，还要有作为局外人对目前叛乱形势的敏锐洞察力。虽然奥古斯塔斯找到了最佳人选戴瑞斯斯通，但他梦寐以求的特工却正在监狱里服刑。戴瑞斯因为 殴打上级军官而被军警监禁。奥古斯塔斯想方设法帮助戴瑞斯越狱成功，并说服他接受解救危难中的总统和国家的重任。重任。

自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉却发现案件的黑暗远远超出他们的想象。这对合作多年的搭档面临着巨大的考验…… 本片为同名美剧的第二部剧场版。