1997年回归前夕，多方势力矛盾激化，暴力事件频发。 　　巨变当前，黑帮龙头林耀昌（任达华 饰）对亲信阿骆（任贤齐 饰）委以帮派重任。多重身份的阿骆在黑白边缘行走，一场除暴行动正悄然掀开反杀的序幕。

廉政公署一宗经历多年调查的严重非法内销行贿案件，竟因首被告理达贸易集团负责人陈超群弃保潜逃，以及唯一重要证人兼举报者，理达的前任财务总监许植尧（张家辉饰）缺席出庭作证，导致法庭勒令延审一星期！为了7天后案件顺利重审，ICAC展开全面行动。负责此案的队长陈敬慈（刘青云饰）和负责寻找证人的江雪儿（林嘉欣饰）原是廉政公署一对恩爱夫妻，如今已分居多时，为了案件不得不联手合作。在抓捕陈超群和寻找许植尧的过程中两人都意外发现他们背后隐藏的另一重身份。一个谜团的解开是另一个谜团的开启，背后的阴谋远远超出所有人的想象，烟幕笼罩下光明之路在何方？

　　警队精英吕明哲 （刘德华 饰） 为逮捕犯罪团伙头目曹楠 （胡军 饰） 处心积虑且不择手段，几欲到手之际竟被儿时好友、惯犯陶成邦 （林家栋 饰） 搅局。陶成邦为赢回对其品行彻底失望的女友燕冰 （姚晨 饰），求吕明哲为其过往捏造卧底身份，并助其破案，最后甚至不惜出卖同伙。风暴过后，二人却惊觉更陷浑沌…… 

一群号称“神探”的团伙掀起了一场中国香港有史以来最邪恶的犯罪！患有精神疾病的“癫佬神探”李俊为查真凶独闯犯罪现场！以“神探夫妇”陈仪和方礼信为首的重案组也开启了与杀戮赛跑的缉凶之路。敌友之间，正邪边缘，死亡审判的真相究竟是什么？真正的“神探”到底是谁？

　　马昊天（刘青云 饰）、 苏建秋（古天乐 饰） 和张子伟（张家辉 饰）是从小一起长大的好兄弟，三人长大后都为警队扫毒科效力。为扫除国际毒贩，阿秋抛家舍业在贩毒集团里做卧底已有时日，迟迟不能过正常人生活，让他极为烦躁心情低落，大哥兼上司阿天和探员兄弟子伟常常劝解，“捉住最后一个大毒枭他就能归队”！ 然而，事情在最后一刻还是没有转机，警队高层要阿秋继续跟进，放长线钓大鱼，阿秋深感不满和挫败。最后说定，三兄弟一起赴泰国抓捕最大毒枭八面佛（卢海鹏 饰），帮阿秋解脱。未想，八面佛动用军队袭击警察，危急时刻要阿天在阿秋和子伟两兄弟中选择一个带走，另一个只能被推进池塘喂鳄鱼。阿天进退两难，手心手背，然而他做的决定却已经注定了这场“扫毒”行动得代价，被放弃的是否能够死里逃生，被留下的是否会感恩戴德，做选择的又能否心安理得？天地之大谁能做到不问恩仇！