1925年的广府古城，太极宗师杨天成遭人暗算,得其真传的长女玉英女扮男装登台授拳,却被拳会会长严仲乾的手下通应识破。通应挑唆拳会以违反“传男不传女”祖训为据,将玉英游街示众,并要施以断筋废功之刑。关键时刻,玉英被曾有婚约青梅竹马的师兄严振国救下。玉英因受到进步青年许文华的影响,立志要在太极拳的普及上做出一番成就，大胆提出“健身祛病”口号,并破天荒地开办女子拳馆......

明朝嘉靖年间，嘉靖帝昏庸无能，朝廷被严党把持，内部朝政腐败，沿海倭寇横行，整个朝野被牢牢掌控在严党党魁——奸相严嵩之子严世蕃的手中，明朝危在旦夕。少林寺观海方丈隐居达摩洞后，少林僧众既心忧国难，又对前程一片迷茫。少林新收的俗家弟子程闻道、高剑雄、海大力与严氏父子有灭门之仇，因天分极高，被分别安排到达摩堂，药局和般若堂苦修武功、医道和禅学。为了达到控制少林为己所用的目的，严世蕃借平倭之名调走了少林武僧团，又勾结少林叛徒疯头陀霸占少林，把一方禅林净土变成了人间炼狱。练功有成的程闻道等人在观海大师的暗中帮助下，带领少林僧众与疯头陀和严党周旋，最后铲除了疯头陀，并协助朝中的正义之士扳倒了严氏父子。

孤儿铁彪本性善良、坚忍耐劳，有百折不挠、永不言败的顽强毅志。自小被释智和尚收留，练就了一身好武功。某天，天地会总舵主陈近南被清廷鹰犬追至释智和尚的灵应寺外因重伤倒下，于是把从阿尔泰手中夺回的藏有卖国情报——海防图的玉瓶交予释智。逃亡路上，面对朝廷追杀、江湖险恶。

本剧根据徐克执导的3D武侠电影《龙门飞甲》改编，延续了龙门客栈的传奇，结合了宫闱之争的秘史，既是一场刀光剑影，尔虞我诈的乱世江湖，又是一段腥血雨，勾心斗角的深宫谍影。

故事发生在宋朝末期。 　　少女若男和少年金哥相遇在闹市的面摊。 　　当时，男装的若男刚刚痛揍了一顿辜负了红袖院的春花的小白脸，怒气未消的她一面兀自喋喋痛骂(红袖院是她姨妈息红泪开的)，一面心头撞鹿地想着宋士俊的到来。 　　金哥却是与相依为命的大和尚师傅受寺庙聘请，正要前往雕刻观音塑像。自幼丧父的金哥在母亲被“歹人”杀死之后就被师傅收为徒弟，云游四海，以雕刻佛像为生，清贫却快乐。 　　天性善良又不谱世事的金哥奇怪若男的口出恶言，不免询问师傅难道世人都是这样，若男大怒。双方顶牛不休。 　　自此，一对身世特殊的少年走上了纷乱时代人世风雨中，从相厌相恨相怨到相在相爱，到相互支持挺立成为乱世英雄的不归路。 　　这其中，误杀金哥母亲的是独臂武松，抚养金哥的是花和尚鲁智深，与他逝同火却情愫深种的若男是青面兽杨志昔年失散的女儿，息红泪为姐姐嫁给武松而不值但又痴爱武松，身行潇洒却内心自私无比的宋士俊为报父亲宋江之仇，不惜出卖朋友、国家。 　　金哥却偶然得知自己的父亲是为人不齿的西门庆。出生的悲剧，杀父的深仇，因出身而被世人误会，这一切厄运缠绕着金哥尚未成熟的心灵。 　　时逢金国觊觑大宋江山已久，即将大举南健，乱世出英雄，民族危机将若男、宋士俊，方腊之女方百花，自称小李逵的李大本事以及武松、鲁智深、杨志等水浒英豪一幷推上舞台，也将英气勃发的西门金哥卷入历史洪流。西门金哥顿时身陷重重危机，矛盾之中，他自身隐含的魔性被杨志看中而几乎被诱入魔道，义结金兰的兄弟，误会他的身世与他反目成仇；他全力支持的大英雄岳飞，竟成了所有兄弟、朋友暗杀的目标；而处心积虑欲置他于死地的宋士俊，却被众人公认为大仁大义的“小及时雨”。 　　金哥在时代风潮的磨练中成长起来，最终率众年轻英豪站在边关的最剧线，迎向敌人的刀锋，打出一条生路……