新学年开始，卫认识了刚转校的清纯女子林可可，另一方面，卫教授从非洲回来，发觉宝甲不翼而飞，逼问之下方知乃死对头龟仙人所为，但仙人却无法回忆起弃甲于何处。原来可可乃天魔转生，为探求宝甲下落，不惜吸取表姐香香的思想，不料却把香对理之爱慕之情也吸收过来，渐渐对卫产生爱意。

董健华（黄子华 饰）与LISA（袁咏仪 饰 ）是一对年轻夫妇，两人已经有一儿一女，现在LISA又有了身孕，夫妻俩恩爱无间。 LISA的母亲Marianne Siu（叶德娴 饰）长期旅居国外，偶然回港小住，但她与女婿的关系向来非常紧张，两人甚至可以说是水火不容，经常发生争吵，LISA左右为难，不知道帮谁才对。 雷雨之夜，在一次激烈的争执之后，LISA之母愤然离家出走，心情激动之下，意外发生交通事故被送往医院，经抢救脱离了危险。其实她已经到阴间转了一趟，并见到了死去多年的丈夫（秦沛），丈夫告诉她女儿LISA被厉鬼缠身，要她设法救回女儿，并给了她通灵的能力，于是她才能返回阳间。 LISA之母还阳后果然发现有一冤鬼阿萍（甄楚倩 饰）缠着LISA，而且阿萍一意孤行，一定要加害LISA及她肚子里的孩子。LISA之母在阳间是一个悍妇，面对女鬼却束手无策，她只有想尽一切办法来拯救女儿，而她与女婿也抛弃前嫌……

方中信和陈锦鸿是黑社会雇用的杀手，陈性格放荡，喜结异性，并将已为人妇的周海媚搞上手。方早已提醒他，不要死在女人手上，果然，周投靠了黑帮大佬方平，将他俩出卖。方、陈被仇家追杀，陈在逃亡时重伤至精神失常，只靠方独力照顾。两男共处一室，相濡以沫，一直对陈含情脉脉的方，决定肯定个人的性取向，正当二人从未如此亲近过时，仇家临门，两兄弟再次同心合力，拼命杀出生路。

20世纪末，杀手组织“八百龙”做大，首领泪七龙面对季秋堂（刘洵 饰）的叛变不敌，遂率手下前往莫斯科，寻找退出江湖的联络员“桌球”，以图平叛。桌球长居北方，收养一子一女姚龙（许冠杰 饰）、叶慕美（张曼玉 饰），由于不敌泪七龙、季秋堂两方杀手，桌球选择与泪七龙合作，将姚龙诱入敌手。 　　泪七龙为清除季秋堂，严酷训练资质优异的姚龙，姚龙失忆后任其摆布，幸有泪七龙小女紫炎珠（李丽珍 饰）调笑陪伴。姚龙经训练成为代号“自由人”的杀戮机器，为泪七龙铲除了季秋堂势力，期间为苦苦寻找他的叶慕美发现，但两人无法相认。季秋堂之女虎小姐（吴家丽 饰）同警员新田（孙兴 饰）合作，调查自由人的真面目。叶慕美被泪七龙带走，渐渐恢复记忆的姚龙要夺回自己失去的东西。 　　本片根据日本漫画《哭泣杀神》改编。

　　制片方此前为这部年度动作大片准备了多个名字，但直到发布会前不久才最终确定片名为《特殊身份》，对此片方表示，是因为这个名字最符合影片的神秘气质。为了能够呈现出最佳的视听效果，《特殊身份》邀请到了曾拍摄过多部经典动作戏的香港知名导演霍耀良、奥斯卡金像奖摄影指导鲍德熹、素有“车神”之称的著名飞车指导罗礼贤参与该片制作。