高老大（陈萍 饰）是神秘杀手组织“快活林”的当家，孟星魂（宗华 饰）和叶翔（凌云 饰）都是她一手栽培出来的刺客，对她忠心耿耿。某日，孟星魂接受了刺杀江湖盟主孙玉伯（谷峰 饰）的任务，却在执行任务之时结识了名为小蝶（井莉 饰）的美丽女子，两人一见钟情。孙玉伯和飞鹏堡有着不共戴天之仇，为了报仇，孙玉伯决心比武招贤，孟星魂在擂台上胜出，得到了孙玉伯的赏识。律香川（岳华 饰）是孙玉伯的养子，孟星魂和他联手，最终歼灭了飞鹏堡。正当孟星魂准备执行刺杀任务之时，得知了小蝶竟然就是孙玉伯的女儿，与此同时，律香川人面兽心勾搭高老大和飞鹏堡，企图加害孙玉伯。

一介贫民仁杰（刘家辉 饰）为惩罚平时靠鱼肉百姓过日子的恶霸高峰（王龙威 饰），假扮三德和尚对其展开攻势，不想被对方识破反遭一顿痛殴。其后，仁杰来到少林寺请求三德和尚传授功夫，但不被对方作正眼旁观。有感于仁杰的诚心，三德和尚最终允许他留在少林寺，但不教授功夫，只让他负责搭棚修葺的工作。仁杰在工作之余，不忘初来志愿，见缝插针恳求三德和尚收他为徒，终惹怒对方，在对方的示意下，仁杰明白搭棚亦是少林功夫的一种，从此刻苦学习。

清朝时，广州一地的反清复明义士积极与台湾郑成功一脉联络，以图驱逐异族。义士段将军与何老师等人为了营救反清同志，先后被广州将军天达镇压，何老师的学生刘裕德（刘家辉 饰）因积极参与反清，举家被天达手下鹰犬唐三要所害，刘裕德孤身逃脱，历尽艰苦抵达少林寺，希望能够习得少林功夫，救助苦难百姓，兼报家仇。其时少林寺设有三十五房，其中三十四房分别锻炼体力或拳脚兵器，法号三德的刘裕德天资过人，历经五年苦学，遍通三十四房，学成之际，刘裕德向方丈提出开设少林第三十六房，旨在接纳俗家弟子，传播少林武学。刘裕德离乡七年后重返广州，收洪熙官、陆阿采等青年为徒，与清廷鹰犬展开了连番激战……

影片以主人公对敌方阵营进行秘密潜入、以进行暗中调查与搜集情报。

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