杨碧芯（惠英红 饰）饱受精神分裂困扰，差点毒害了儿子叶劲峰（王浩信 饰）。叶劲峰惊吓过度，竟解离出体弱但暖心的人格——朱玑。双重人格的叶劲峰，被刑侦之父聂山（姜皓文 饰）赏识，招揽加入特案组，与精神科医生韦睿杰（袁伟豪 饰）、拆弹警花游雁星（黄智雯 饰）、总督察江政勋（黎诺懿 饰）、法医人类学家方菀芊（王敏奕 饰）、法证昆虫专家张晓蔓（连诗雅 饰）及经常被怀疑与案件有关而需接受调查的小说编辑海蓝（菊梓乔 饰）一起恶斗种种心理偏差的高智慧罪犯，侦破多宗惊悚悬案。

都快人到中年了，李副省长公子李小兵因涉嫌走私案而被捕。作为李副省长一手提拔起来的新市副市长周怡一方面要为修建运海高速公路筹措资金，一方面要为李小兵走私案件周旋于来自各方面压力。

会捉鬼除妖降魔的夏家弟弟夏冬，暑假期间帮助考古队去解决一些事情，唤醒了墓里一位沉睡千年的古代皇子，然后带他回家，二人相处，并抓鬼降妖共同生活。

柯南通过侦破各种案件，搜集线索，逐渐揭开了组织的一角，为了正义而与其斗智斗勇。同时，柯南也肩负着为民除害的使命。

真实身份谜团重重、每个人都有着复杂背景的危险一家——赤井家族。在来叶崖假死的FBI探员赤井秀一，《名侦探柯南：绯色的不在场证明》以他为中心展开，揭开了赤井秀一、世良真纯、羽田秀吉、玛丽等人的个性，以及他们几人之间的关系。故事的高潮则在讲述赤井秀一华丽复活的“绯色”系列。在某个事件中，赤井秀一的宿敌、代号为波本的安室透从FBI那打听到了“线索”之后，安室透便深入调查赤井秀一与冲矢昴的关系。在经过了一系列的高智商攻防战后，赤井秀一的回归给所有人带来了冲击。而在这一连串的“不在场证明剧”的真相背后，都有着柯南的身影——《名侦探柯南》系列中不可缺少的赤井一家，该总集篇将彻底解剖他们至今为止的行动轨迹、以及他们与柯南的关系。