21世纪末，人类的科技水平已高度发达，克隆人技术和宇宙航行早已实现，不再是梦想。与此同时，许多科学家仍孜孜不倦追索着人类起源的秘密与真相。通过对许多古老文明的考察与对比，科学家伊丽莎白·肖（Noomi Rapace 饰）和查理·赫洛维（Logan Marshall-Green 饰）发现，人类可能是来自一个遥远星系的外星人创造的。在Weyland公司资助下，他们乘坐维克丝（查理兹·塞隆 Charlize Theron 饰）所掌管的宇宙飞船普罗米修斯号前往那颗未知的星球。 经过对当地的考察，地球人的设想成功得到印证。可是他们贸然探查“神的秘密”的行为，也将自己引入万劫不复的深渊……

近未来，奥特普能源公司研发出一种利用平行宇宙获取新能源的方法，并盛情邀请飞行员兼物理学家威廉·波特（丹·史蒂文斯 Dan Stevens 饰）协助。因为要照顾身为单亲妈妈的妹妹米娅和患有心理疾病的侄子东尼，威廉婉拒了奥特普的邀请，后抱着强烈的使命感和好奇心，决定投身新计划。不料，就在威廉穿越至另一个宇宙时，系统不稳定导致宇宙即将坍塌。面对机甲和反叛组织的追逐，威廉必须拼尽全力，为了保护心爱的家人和真实宇宙，尽快解决如同末日来临般的大危机。

故事将聚焦于克里斯·海姆斯沃斯饰演的猎人和查理兹·塞隆饰演的王后在遇到白雪公主之前的故事，而在第一部中饰演白雪公主的克里斯汀·斯图尔特将不会出演这部续作。

史特斯明史奇原是备受爱戴的大学教授与知名的前卫派画家。当史达林提出「社会主义式的写实主义」，且被波兰当局奉为圭臬，要求上行下效时，他站在异议的那方，结果不但被撤销教职、剥夺艺术家身份，甚至连餬口饭吃的生存权也尽遭践踏。而自诩为小螺丝钉的人们，成了国家机器的暴力帮凶。

劳拉（艾丽西亚·维坎德 Alicia Vikander 饰）的父亲一生都致力于研究古墓，在劳拉尚且年幼的时候，父亲在一场冒险之中失踪了。一晃眼多年过去，劳拉一直拒绝承认父亲已死的消息，也拒绝接手父亲手下的商业帝国。 一次偶然中，劳拉发现了父亲遗留下的冒险笔记，父亲希望劳拉能把这些资料付之一炬，但为了寻找父亲的下落，劳拉决定寻找笔记中记载的岛屿。劳拉找到了名为陆仁（吴彦祖 饰）的男子，两人结伴踏上了旅途。刚一上岛，劳拉和陆仁就遇见了一直和父亲作对的马赛亚斯（沃特·戈金斯 Walton Goggins 饰）以及他的雇佣兵团队。马赛亚斯一心想要找到古墓的踪迹，不惜杀死了不肯透露半点消息的劳拉的父亲，如今，劳拉亦落入了他的魔爪之中，会遭遇怎样的命运呢？