威尔·蒙哥马利（尼古拉斯·凯奇 Nicolas Cage 饰）的四人盗窃团伙在一次行窃银行金库时被埋伏在现场的FBI逮个正着，同伙文森特在混乱中中枪，而威尔将一千万赃款付之一炬后独自被捕。八年后，威尔出狱，迎接他的是怀疑他当年私藏赃款的FBI探员安德森，以及女儿艾莉森（萨米·盖尔 Sami Gayle 饰）的敌视，威尔心力憔悴之际突然收到了文森特绑架艾莉森的消息。原来当年行窃失败后文森特陷入潦倒，为了讨还一千万中属于自己的部分他绑架了艾莉森。威尔试图向FBI求助却不被安德森信任，无奈只得独自拯救女儿，为此他不惜找到当年的搭档，准备再次犯案……

狮子亚历克斯他们在马达加斯加的快乐故事仍在继续。而另一边厢，那四只调皮捣蛋的企鹅：沉着冷静的老大、脑瓜机灵的技术狂卡哇伊、单纯而超萌的菜鸟以及疯狂危险的凉快却回到了纽约动物园。虽然平时被关在笼中，但这根本难不住技能互补的企鹅四兄弟，在繁华的国际大都会，他们还是可以让演一场又一场令人咋舌又拍案叫绝的大冒险。此外，超级自恋狂狐猴朱利安国王14世和大毛也告别老家，携手到陌生的美国闯天下。动物、人类，原始、文明，彼此间发生激烈碰撞，有趣的故事接连上演。