超级特工队不是天生的……他们是——孵出来的。一同来看看在这场全球特工行动中，老大（Skipper），科斯基（Kowalski），瑞哥（Rico）和菜鸟（Private）这几个再伟大又再搞笑不过的特工企鹅们到底藏了什么秘密。这些精英中的精英现在正和一个看上去很专业的特工组织“北风”合作。这个组织由高大帅气的特工领导（本尼迪克特·康伯巴奇 Benedict Cumberbatch 配音）。他们必须联手打败大坏蛋布莱恩博士（约翰·马尔科维奇 John Malkovich 配音），阻止他毁灭世界！

一切都开始于一场不期而遇的流星雨，有四艘小小的宇宙飞船夹在燃烧炙热的流星中。突然，流星们在一股神秘的力量的驱使下转变了行进的方向，来了个右转弯。看样子，它们的目的地是一个不远处的蓝色球体地球。 在密歇根，有一个安静而舒适的家庭。里面居住着斯图尔特皮尔森先生和他的妻子妮娜。他们有3个孩子，分别是7岁的汉娜，15岁的汤姆，以及他们刚刚陷入初恋之中的大姐碧瑟奈。整个家庭决定要放松一下，他们准备出去玩几天。他们收拾好了行装来到缅因州的一个旅行小屋，同行的还有奈特舅舅，他的儿子杰克、亲爱的娜娜罗斯婶婶还有双胞胎阿特和里。不过碧瑟奈的男朋友里奇不请自到，他的加入使得整个旅行团队庞大无比。 到了晚上，一团奇怪的乌云笼罩在这个旅行小屋周围，闪电齐做，雷声隆隆。突然，4个奇怪的物体径直降落在屋顶。这时，从飞船上下来四个外星人。他们是飞船上的技师思琪普、大无畏的队长泰瑟，肌肉男瑞瑟以及唯一的女性成员斯派克斯。这些外星生物来自一个遥远的星球Zirkonians。它们的超能力是利用超级科技控制人的思想。麻痹大意的里奇就不幸被外星人控制，成了“伪军”。 在里奇的协助下，外星人抓到了几个孩子，但是汤姆和杰克却从中逃了出来。不久之后，这几个孩子发现，外型人的思想控制只对大人起作用，对于孩子无计可施。这一条，给了这5个孩子和这些不速之客较量的机会。他们开动脑筋，自己制造出很多稀奇古怪的“玩具武器”和外星人开战。蒙在鼓里的大人们不知道发生了什么，他们还觉得孩子就是孩子，只喜欢乱玩。 这时，在汉娜和斯派克斯之间发生了一场令人动容的友谊，作为唯一的女性，斯派克斯对战斗毫无兴趣，她只想回家。这个有着四个胳膊和四个手掌的外星人内心软弱、爱好和平。在与孩子的友谊之中，她渐渐希望用自己的努力来结束这场战争。于是她加入到了人类这边，与孩子们并肩战斗。 战斗还在继续，笑声也在回荡。也许这些外星人并不是要来毁灭地球的，他们可能只是使者…… 幕后花絮： 本片的主要编剧马克波顿曾经成功的为小鸡快跑打造剧本，据他自己所说，想象力永远是自己创作中最重要的东西。本片也以其天马行空的想象构思印证了这一点。不过，本片的灵感来源最初却是来自于现实生活之中。据马克波顿说，自己经常在电影下载家中与邻居家聚会，大人们在院子里喝茶聊天，小孩们就去阁楼上玩耍。常常等大人去找孩子们的时候，他们已经打的不可开交。有一天，马克波顿在楼下看着楼上被孩子们打闹而晃动的地板不禁想到如果孩子们在上面不是在游戏，而是在进行一场真实的战争，而大人们却还在楼下浑然不觉，这一定是一个很有意思的故事，于是，便有了本片的诞生。 有了创意之后，就开始具体的创作。其中比较难处理的一步是将大人们隔离在这场战争之外。为此马克波顿也是花了不少脑筋，最后构想出了一台脑波控制器，外星人可以利用其来控制人类的思想，但是这种设备对未成年人却不起作用。这么一来就可

当Alex它们还在非洲度假时，企鹅们早已回到了纽约动物园，并且继续执行它们的秘密任务，并帮助动物园里的动物们。

狮子亚历克斯他们在马达加斯加的快乐故事仍在继续。而另一边厢，那四只调皮捣蛋的企鹅：沉着冷静的老大、脑瓜机灵的技术狂卡哇伊、单纯而超萌的菜鸟以及疯狂危险的凉快却回到了纽约动物园。虽然平时被关在笼中，但这根本难不住技能互补的企鹅四兄弟，在繁华的国际大都会，他们还是可以让演一场又一场令人咋舌又拍案叫绝的大冒险。此外，超级自恋狂狐猴朱利安国王14世和大毛也告别老家，携手到陌生的美国闯天下。动物、人类，原始、文明，彼此间发生激烈碰撞，有趣的故事接连上演。