这是一部关于政治、复仇的真实电影。1972年在联邦德国举办的第20届奥运会上，巴勒斯坦的极端恐怖组织“黑色九月”闯进了奥运村绑架了11名以色列运动员，以此要挟以色列释放被关押的该组织成员。联邦德国的警察草率对待了这次绑架事件，他们直接冲进了恐怖组织的巢穴企图营救人质，孰料导致11名以色列运动员全部遇难！事件发生之后，以色列“摩萨德”高层迅速训练了一批特工，展开了对“黑色九月”组织以及相关的巴勒斯坦人长达一个世纪的血腥报复。

影片背景设置在11世纪的波斯，一位英国人为了学习医术掩盖其天主教徒的身份，加入了伊斯巴罕一所只招收穆斯林和犹太人的医学院。他治随的老师名叫阿维森纳，是历史上著名的犹太科学家、思想家和医生。阿维森纳的著作达200多种，最著名的有《哲学、科学大全》，在当时是高水平的百科全书；另一部巨著是《医典》，直到17世纪西方国家还视为医学经典，至今仍有参考价值。《神医》结合史诗与虚构，展现了在那个被愚昧和迷信统治的世纪里一群人探索真知的无畏精神。

影片讲的是一位犹太作家、记者为解决巴以冲突，建立以色列国奔走的故事。故事来源于一本同名小说。