1941年秋，大批日战机猛烈轰炸成都。百年老字号锦江春的少掌柜杨少诚亲眼目睹驻防司令叶怀忠的吉普车发生大爆炸。叶司令当场炸死，副官凌辉浑身是血受了重伤。少诚送他去了医院。军统站副站长陈剑锋赶到未来岳父叶司令的被炸现场，吃惊的发现吉普车底下隐藏了一枚德国产的定时炸弹残骸，他立刻意识到，这是一起谋杀。 　　医院里凌副官看到行动队长许尔根带人闯了进来，偷偷将一个美式烟盒放到了少诚的口袋里。许尔根将少诚和凌辉带回军统站审讯。叶司令的女儿叶眉在军统站做机要员，她得知少诚救了共党潜伏在司令部的特工凌辉，持枪闯进审讯室，要枪毙少诚，被陈剑锋劝住。 　　凌副官撞死在刑台上，少诚大为震撼。陈剑锋私自放了好友少诚，与站长顾华泽发生激烈冲突。回到家中，少诚发现烟盒的内夹层里藏有一张当票。毛人凤来密电，指示陈剑锋调查司令之死。陈剑锋想借此搞垮顾华泽，而顾华泽觉得陈剑锋背景复杂，迟早坐上自己的位置，也想除掉他。 　　弟弟少义嗜赌成性，将房契地契输给陈剑锋的父亲陈子秋的手下，袍哥头目马三。少诚答应还钱，想用凌副官给的当票，赎回一笔金银财宝，可当回的却是一本晚清版《山海经》。日伪特务谷又丰跟踪少诚到了当铺，少诚从暗道逃出，被叶眉打晕，吊在了屋梁上。此时，陈剑锋追踪日伪特务到此，少诚趁叶眉和陈剑锋闹误会，将《山海经》偷走。回到家，将书拆开，惊奇的发现《山海经》原来是一张隐形地图。少诚独自进了地洞，里面是一个四通八达的地下网，地道里藏有大量的军火和烟土。他顿时明白，只要点燃军火，这座城市将万劫不复！

　　马昊天（刘青云 饰）、 苏建秋（古天乐 饰） 和张子伟（张家辉 饰）是从小一起长大的好兄弟，三人长大后都为警队扫毒科效力。为扫除国际毒贩，阿秋抛家舍业在贩毒集团里做卧底已有时日，迟迟不能过正常人生活，让他极为烦躁心情低落，大哥兼上司阿天和探员兄弟子伟常常劝解，“捉住最后一个大毒枭他就能归队”！ 然而，事情在最后一刻还是没有转机，警队高层要阿秋继续跟进，放长线钓大鱼，阿秋深感不满和挫败。最后说定，三兄弟一起赴泰国抓捕最大毒枭八面佛（卢海鹏 饰），帮阿秋解脱。未想，八面佛动用军队袭击警察，危急时刻要阿天在阿秋和子伟两兄弟中选择一个带走，另一个只能被推进池塘喂鳄鱼。阿天进退两难，手心手背，然而他做的决定却已经注定了这场“扫毒”行动得代价，被放弃的是否能够死里逃生，被留下的是否会感恩戴德，做选择的又能否心安理得？天地之大谁能做到不问恩仇！