中央人民政府颁布新婚姻法后不久。在一个土改后的农村东枣庄里，有一对青年男女，男的叫王春贵，女的叫李秀兰（师伟 饰）。他们都是生产互助组的劳动模范，新民主主义青年团员，两人正处在热恋中。村里一些有旧脑筋的人，对王贵春和李秀兰的自由恋爱看不惯，认为这样的新鲜事“伤风败俗”。李秀兰的老爹李老川（李景波 饰）也是一个旧脑筋的人，他反对女儿自由恋爱，硬要自作主张将女儿许配给西枣庄赵老蛮（方化 饰）的侄子赵大奎。李老川和赵老蛮两人又亲自到村政府，代替李秀兰和赵大奎办理了结婚登记手续。李秀兰坚决反对父亲的包办婚姻，她找到村妇女主任想办法。妇女主任找到秀兰娘，把自己亲眼看到过的一个包办婚姻的惨事告诉了秀兰娘。秀兰娘明白了包办婚姻的害处，不再反对女儿的自由恋爱。

　　制片方此前为这部年度动作大片准备了多个名字，但直到发布会前不久才最终确定片名为《特殊身份》，对此片方表示，是因为这个名字最符合影片的神秘气质。为了能够呈现出最佳的视听效果，《特殊身份》邀请到了曾拍摄过多部经典动作戏的香港知名导演霍耀良、奥斯卡金像奖摄影指导鲍德熹、素有“车神”之称的著名飞车指导罗礼贤参与该片制作。

廉政公署收到报案人廖雨萍（周秀娜饰）的实名举报，举报正在坐牢的富二代曹元元（林峯饰）涉嫌行贿监狱里的监督沈济全（谭耀文饰）以及惩教员，首席调查主任陆志廉（古天乐饰）决定深入虎穴，卧底狱中。在监狱里，被陆志廉送入监狱的前警司黄文彬（林家栋饰）以及曹元元两大帮派势成水火，陆志廉趁机接近曹元元取得信任。同时监狱外的廉政公署总调查主任程德明（郑嘉颖饰）、国内反贪局行动处处长洪亮（丁海峰饰）也陆港联手，通力合作，最终成功破获贪腐行贿大案。

　　警队精英吕明哲 （刘德华 饰） 为逮捕犯罪团伙头目曹楠 （胡军 饰） 处心积虑且不择手段，几欲到手之际竟被儿时好友、惯犯陶成邦 （林家栋 饰） 搅局。陶成邦为赢回对其品行彻底失望的女友燕冰 （姚晨 饰），求吕明哲为其过往捏造卧底身份，并助其破案，最后甚至不惜出卖同伙。风暴过后，二人却惊觉更陷浑沌…… 

ICAC (廉政公署) 陆志廉（古天乐 饰），JFIU (联合财富情报组) 刘保强（张智霖 饰）分别侦查贪污及洗黑钱案，但苦无线索，这时廉政公署L组 (内部纪律调查组) 程德明（郑嘉颖 饰）收到Eva（邓丽欣 饰）举报，指陆志廉收贿1,200万，陆无法辩解即时停职。 刘发现陆被诬陷，并跟一直调查的洗黑钱案有着千丝万缕关系，同时怀疑银行主任游子新（栢天男 饰）协助犯罪集团首脑王海禾（谭耀文 饰）洗黑钱；中国反贪局侦查处处长洪亮（丁海峰 饰）来港，给刘保强提供了重要情报，原来洗黑钱案牵涉内地贪腐官员，陆港合力打击贪腐；陆亦冒险搜集罪证却遭禁锢，命悬一线......