一位不成功的漫画家“藤沼悟”拥有某种情况下，可以进行时光回溯的能力。某天，在他发现母亲被昔日的诱拐儿童事件真凶给谋杀后，悟决定发动这项能力来挽救一切，却没想到他却回到了小学时代……原来在那里有着整件事件的起源，他必须化解全部难题才能扭转命运。

故事会以《战国BASARA3》为蓝本，将“关原之战”设为舞台。彼时为群雄割据的战国乱世，高歌天下布武的大魔王织田信长，在本能寺遭遇心腹大将明智光秀的反戈讨伐。在信长阵亡后，拥有压倒性战力的丰臣秀吉成为一方霸主。另一边，奥州最强之人伊达政宗准备进军小田原城。随后，甲斐武田军队听闻伊达开赴进军的报告，真田幸村心生驰援战场的冲动……

就读水明艺术大学附属高中的神田空太，一年级夏天时在宿舍养猫，而被校长叫去问话，并要求把猫赶走，不然就搬出宿舍。身为爱猫一族的空太，企图反抗权威，结果被撵出宿舍，流落到恶名昭彰的“樱花庄”。 隔年春天，随着世界级天才画家椎名真白搬进了樱花庄，神田空太开始过起被这名缺乏常识的少女耍得团团转的日子。

在突然出现的未知生命体面前，人类突然面临灭亡危机，而后经过了漫长的岁月。幸存下来的人们为了摆脱未知生命体的威胁和侵害，建造了高度为3000M的巨大移动要塞“DECADENCE”，过上了平稳的日子。住在“DECADENCE”里的分为两种人，日夜与未知生命体战斗的战士“Gear”以及不具有战斗能力的“Tanker”。梦想着自己也能成为“Gear”的“Tanker”少女夏目，在某天与态度冷漠的“DECADENCE”修理工镝木相遇……

七濑武是个有着灰暗过去的平凡高中生，因为某些缘故与青梅竹马五十岛胡桃假扮情侣，并过著平凡无奇的生活。某日武在社团练习前于校舍内发现了昏倒的少女相羽六，并将她带到保健室，并在误解的情况下被六变成了魔法师，从此武和身边人们的命运开始有了改变……。