本故事以被武力和恐怖支配的本能字学院为舞台，以为父报仇的转校生少女为中心， 围绕着在学园中“执牛耳者”的学生及学生会四大天王间的激战故事展开。缠流子和鬼龙院皋月，两人为本作的主人公。在本作中，皋月用极制服的力量支配着学园， 而流子为查明父亲死亡的真相而与皋月对抗。在这由力量支配的学园中，由于手持片太刀铗的转校生的到来，引起了动乱， 这一场各个能力者均被打倒的故事因此而开始！

四大公爵家贝薩流士家下一任当家奥茲?贝薩流士，在15岁的成人的仪式中因他的存在为罪名，把他推进阿嵬茨这个黑暗监狱中。奧茲在阿嵬茨中与称为染血黑兔的 “艾莉丝”相遇，并与她订立契约，成功逃出阿嵬茨。回到现实世界的奥兹发现这是10年后的未来世界，艾莉丝为了追寻失去的记忆，而奥兹则是为了寻找出自己的罪名，两人一同加入了潘朵拉组织，故事也就此正式展开……

在从便利商店回家的路上，突然被异世界召唤的少年菜月昴。在无法依靠任何东西的异世界，无力的少年手唯一的力量……那是“死去然后重新开始”的力量。为了守护最重要的人们，为了取回确实存在着又无可替代的时间，少年抗拒着绝望，勇敢地面对着残酷的命运。

未来的日本秋叶原，往昔流行的御宅文化已经式微，就连曾经的地标性圣地也不为人们所知晓，售卖二次元商品的店铺很多都因为生意不好而关门。玩家们将扮演一家二次元商店的老板，为了经营好店铺，也为了将御宅文化传承下去，不断地努力。

伴随仲夏的薰风，平安物语第二季的绘卷缓缓展开。玉藻前狐面后上扬的嘴角，似有恶作剧的气息；妖刀姬抽刀挥向幽深的密林，裹挟肃杀之气；小鹿男清澈的瞳仁蒙上阴翳，命运的浮沉未卜……新朋来临，旧友重聚，庭院会发生怎样的新趣事呢？