忍者神龟与蝙蝠侠跨时空相遇，他们本都是默默守护正义的使者，然而在铲除罪恶的过程中蝙蝠侠和忍者神龟产生了误解，经过一系列打斗后，解除彼此的误解，共同作战，守护城市的和平以及人们的安全。

在实验室里众人目睹了海啸女士的邪恶计划，海绵宝宝作为邪恶克隆计划的牺牲品被抓走命悬一线。在危急关头，珊迪发挥自己的聪明才智，在章鱼哥、派大星、蟹老板等比奇堡朋友们和奇克斯家人们的帮助下，排除万难成功阻止了海啸女士的克隆计划。

为了制造出适合陪伴人类的海洋伙伴宠物，由海啸女士带领的靴子实验室抓走了比奇堡的所有居民，海绵宝宝和松鼠珊迪·奇克斯为了拯救比奇堡决心前往人类世界，开启了惊心动魄的冒险旅程。海绵宝宝和珊迪在得州被响尾蛇攻击，珊迪的家人们挺身而出帮二人脱险，并护送二人到了靴子实验室。在实验室里众人目睹了海啸女士的邪恶计划，海绵宝宝作为邪恶克隆计划的牺牲品被抓走命悬一线。在危急关头，珊迪发挥自己的聪明才智，在章鱼哥、派大星、蟹老板等比奇堡朋友们和奇克斯家人们的帮助下，排除万难成功阻止了海啸女士的克隆计划。

蟹堡王毗邻本店的二号店即将开张了！海绵宝宝满心期待，以为分店经理一职非自己莫属，然而蟹老板却以他不够成熟为理由，将分店交给章鱼哥打理。同时看着蟹堡王做大的痞老板再出毒计，他偷走了海王星国王的王冠，并嫁祸给蟹老板，盛怒的海王星要处死蟹老板，但为了拿回王冠，给忠诚的海绵宝宝和派大星六天时间，让他们去无人能够生还的贝壳城取回王冠。而痞老板得逞后偷走了蟹老板的蟹黄堡配方，生意迅速大热，他趁机把能够操纵思想的头盔赠送给顾客们，要通过控制海洋生物称霸世界。另一面，海绵宝宝和派大星踏上了无厘头又凶险万分的寻冠之路，前往传说中独眼巨人栖息的贝壳城……

此片是一部倡导保护环境，保护动物为主题的影片，自然界中的一切都是相辅相成，缺一不可。 环境被破环，动物被扼杀灭绝，人类的死期也不远了。在孟买圣雄*甘地国家公园的原始森林里，一群动物欢快地生活在一起。可是突然有一天，人类的到来打破了这个森林的安静。轰隆而至的机器，威胁着动物们的生存环境，呦威的爸爸撒旦为了救呦威而被枪杀，为了拯救这个家园小豹呦威将大家聚在一起开会商讨对策。年少方刚的小猴巴酱，主张和人类打一场战争；德高望重的大熊巴嘎，则坚信可以通过和平对话的方式解决问题。最终他们决定去德里国家议会找人类论理；可是，他们当中没有谁能讲人类的语言，于是他们想到了会说话的鹦鹉亚历克斯。出乎意料的是，鹦鹉亚历克斯满足于优雅闲适的生活，不愿伸手帮忙。无计可施，他们只好把亚历克斯强带上路从而开始了他们的德里之旅……