在《X战警：黑凤凰》中，X战警将面临他们最强大又可怕的敌人：他们的一位成员——琴·葛蕾。在一次太空救援任务中，琴被一股神秘的宇宙力量击中险些死亡。返回家中后，这股力量令她变得无比强大的同时也极不稳定。琴在与体内能量搏斗期间释放了自己无法控制也无法领会的力量。随着不断失去控制，琴伤害了她的至亲之人。这一举动割裂了维系X战警的纽带。现在随着X战警家族渐渐分崩离析，他们必须找到办法重新团结一心——不仅为拯救琴的灵魂，更为地球的安全。因为外星势力正意图武器化琴体内的力量并以此统治银河系。

变种人天启（奥斯卡·伊萨克 饰）诞生于人类文明的最开端，被人类当做神一般敬仰膜拜，然而，这样的他，却遭到了他最蔑视的人类的背叛，被埋葬于废墟石砾之下，一晃就是数千年过去了。一场意外使得沉睡千年的天启从混沌中醒来，重返人间的他却发现曾经高贵的变种人，如今境遇十分糟糕。为了创造一个属于变种人的新世界，他找到了暴风女（Alexandra Shipp 饰）、灵蝶（奥立薇娅·玛恩 饰），天使（本·哈迪 饰），还有想要过平凡生活却依旧遭到人类驱逐的万磁王（迈克尔·法斯宾德 饰）组成了天启四骑士。在察觉到天启的动向后，X教授（詹姆斯·麦卡沃伊 饰）带领着魔形女（詹妮弗·劳伦斯 饰）、野兽（尼古拉斯·霍尔特 饰）和凤凰女（索菲·特纳 饰）等人，发誓要粉碎天启的阴谋。

建立已三百年的懒洋洋小镇，生活着一个能看到鬼魂的小男孩诺曼（柯蒂·斯密特-麦菲 配音）。可是这种能力给他带来无限困扰，周围的人甚至父母姐姐都认为他是个满口胡言乱语的神经病，只有学校里同样受大家嘲笑的小胖子奈尔相信并愿意和诺曼做朋友。这一天，深居简出且疯疯癫癫的普兰德叔叔（约翰·古德曼 配音）找到诺曼。叔叔也是个通灵者，他告诉诺曼一个重大的秘密，当年建镇之初被人们杀死的女巫鬼魂即将苏醒，届时女巫要携着恐怖的僵尸实现对镇民的诅咒。 　　不久，叔叔死去，而女巫注定苏醒的忌日即将到来。诺曼必须想方设法拯救他的小镇……