日本军队进入沦陷的南京城，奉命掩埋中国死难士兵和战俘尸体。与此同时，市中心的圣马德伦教堂中迎来了一群不速之客，十来个女学生和秦淮河女子，她们殊途同归只为同一件事――逃难。紧接着许多男人也因为各种原因进入了教堂。围墙外的日军寻找各种借口进入教堂，圣马德伦教堂的后院成为他们填埋尸体掩盖罪证的目标，国际安全区的组织者尝试各种解救教堂被困人员的方案，却屡屡失败。教堂中的男人们为了保护藏在教堂阁楼和地窖中的女人，献出了自己的生命，女人们或者选择了有尊严地死去，或者进行了最壮烈的抵抗。在这四十九个日夜里，他们和他们，在一次次地求生、抵抗、毁灭和复活中缔结了爱情、亲情和友情，曾懦弱地变成了勇士、曾迷失的找到了方向、曾虚无的得到了收获、曾有罪的完成了救赎。

讲述了警局乌龙神探王不二在同事黄飞红和女上司Angela的协助下破获由女演员刘金水引发的“微笑杀人案”的故事。

这是四个与爱情有关的故事：审计员高远（文章 饰）三年来重复着两地奔忙的工作，在他前往外地送交一份重要文件之时，机场安检员石晓琳（白百何 饰）却将他扣留，耽误了航班的高远大怒，却发现石晓琳对他非常了解……；数学教师王勇（郭涛 饰）与妻子雪莲（张静初 饰）结婚多年，在朋友的启发下决定要个孩子，然而这对爱人的怀孕战役进行的异常艰难……；阿美（莫文蔚 饰）与情人遭遇因信号灯故障引起的车祸，阿美轻伤，而情人重伤昏迷，而这场车祸，似乎由阿美的丈夫云山（戴立忍 饰）一手策划……；跳伞运动员嘉欣（黄幻 饰）因吸毒被跳伞队开除，运动生涯宣告结束，她的男友兼搭档海桥（段博文 饰）决定不惜一切代价挽救她……

浑水摸鱼、游戏人间的职业欺诈师左南（文章 饰）与徒弟马候（于洋 饰）因为一所老宅、一个社会黑哥（梁超 饰）与“鉴渣”测谎人马小凡（马丽 饰）相逢，原来左南与马小凡曾有过婚约。再聚首，左南因高僧（游本昌 饰）的催眠只能口吐真言，而马小凡因说实话而被网暴，这对落魄的欢喜冤家既要面对犯罪团伙的威胁又要在爱与谎言中寻找彼此内心的答案。

明朝末年，皇帝朱常洛老来得子，是为皇三子朱由校，此时锦衣卫校尉杨天石接到线报：“刺客入宫”，迅即入宫侍卫，谁知潜入宫禁暗杀三皇子者竟是杨结拜兄弟之一萧云天，杨天石拼死护救，皇子生母仍被杀，萧亦自尽。现场线索发现，杀手竟为皇嫡子朱由检生母、当朝皇后所派。老皇帝悲恨之余，欲立朱由校为太子，遭首辅杨涟强烈反对，皇帝遂徙杨涟，并命杨天石鸩杀皇后，但杨天石却对皇长子朱由桤及锦衣卫指挥使钱仕达心生疑惑。 　　宫禁失察，钱仕达及魏公公俱被责罚，为迷惑圣聪，魏及杨天石另一结拜兄弟钱宁，找来与被刺皇妃长像相似的京师第一美女客印月为乳娘。客印月因被盗贼李进忠奸污失身并生下一子，俱为杨天石所救，二人生出刻骨铭心之爱，但客为救李进忠之命，私自进宫为皇三子做乳娘，皇帝见之，龙颜大悦，封客印月为奉圣夫人并据为己有。客印月锁居宫中十六年，竟未能见情人杨天石一面，只有飞鸽传情。客印月与李之子也被天石养大，取名布衣，而李进忠亦自宫为太监，拜魏公公为义父，更名魏忠贤。忽辽东事变，后金入寇。朱由检代父出征，宁远一役，努尔哈赤被炸死，朱由检一战而胜，太子之位，非他莫属。而此时朱由校也被布衣从朱由桤派来的杀手刀下所救，二人遂结拜为兄弟。朱由校从小满怀仇恨，心灵扭曲，他利用杨天石及客印月一家三口之暧昧关系，杀死朱由桤及钱仕达，并弑君夺嫡，即位登基，是为天启皇帝。朱弑君之际，性情大乱，乱伦奸污客印月，并欲据为己有，客印月逃出宫禁，流亡江南，为天下狂禅、致仕后沦落江湖且为昆剧班主的李贽先生看重，以客印月为千古绝唱《牡丹亭》主演。杨天石苦寻至江南，与客印月终于复合，却再次陷入宫廷政变的血雨腥风之中。 　　藩邸江南的朱由检秘密秣马厉兵，收服与朱由校有杀父之仇的锦衣卫钱宁为其所用。得知朱由校皇子即将诞生，即派先前诈死的萧云天前去行刺，胎儿母子俱死，萧亦死于魏忠贤及其东厂之手，天石及钱宁十分悲痛。朱由校得知皇兄朱由检阴谋，亲率锦衣卫大军讨伐江南，但心中念念不忘者，仍是淫念太深的对象客印月。朱由检遂利用客印月，引诱朱由校身陷信王府，以巨金购置的西洋火炮将王府炸成废墟。朱由校死后，朱由检即位，是为明朝最后一代皇帝崇祯。千钧一发之际，竟是终生唯利是图的钱宁救了杨天石和客印月一家人的命，这个生前的花花公子，临难之际，壮怀激烈。 　　锦衣卫作为宫廷侍卫军，法外之法的刑讯机构，即在君主绝对专制的中国封建社会，亦属独一无二。本剧三位锦衣卫，萧天云惟命是从，钱宁唯利是从，杨天石惟情是从，纠缠着明末天下第一美女客印月的爱恨情仇，伴随着三代皇帝父子兄弟相残的血雨腥风，演出了一曲抗争政治黑暗、寻觅真情良知的旷世悲歌。