著名的心理治疗师徐瑞宁（徐峥 饰）擅长催眠治疗，深得业界的赞扬。但是心高气傲的他却遭遇了职业生涯中最棘手的案件，那就是恩师方教授（吕中 饰）推荐给他的女病人任小妍（莫文蔚 饰）。一天晚上，女助手Amy（杨凯迪 饰）引见来了任小妍，但是这个女病人似乎一直都不太配合，对待医生态度强硬，而且坚信自己能有超自然的能力，徐瑞宁觉得她没有说出真相，于是开始了催眠疗法。意想不到的是任小妍反而掌控了局面，而真相居然与徐瑞宁的妻子陈婷（胡静 饰）以及好友骆雨凇（王耀庆 饰）有关，任小妍的真正身份是什么？徐瑞宁似乎掉进了一个设计好的陷阱里……

南宋都城临安府内突发命案，民众纷纷传言是夜游神所为。京城临安府府尹夏侯言请宋慈前来相助。宋慈发现死者口中有迷药的气味，推断出凶手就是死者府上的厨子。当宋慈和仵作古雪乔调查厨子之时，又一起命案发生，死者是主持礼法祭祀的礼部侍郎。凶手作案的手法与第一起命案一样，并且在案发现场都有一支黑羽。通过综合两名遇害者的行踪记录，宋慈发现二人同时出现在过一个地方——玉栏仙苑。宋慈和古雪乔赶到玉栏仙苑，并找到了曾经接待两名遇害者之人——外域女子伊娜。宋慈判断夜游神一定与外域有关，而一切指向就是明日的明堂大礼。大礼之日，御史大夫史献忠联合外域众人将太子绑架，最终宋慈等人齐心协力将外域之人制服，并将史献忠绳之以法。

公元1247年，一位名叫宋慈的南宋官员完成了一部旷世奇作。这部著作记载了他毕生断案洗冤的经历和神奇的验尸方法，它的问世代表了法医学就此诞生。该系列将带领观众穿越古今，以时间为镜，对照八百年间法医学的演进与发展。

于府公子惨死，于府之人一夜之间全都变成草人。宋慈奉命调查，发现案情盘根错节，中途也接连遭到草人袭击。朝廷派丁广利协助宋慈，却使得案情更加扑朔迷离，但也让宋慈发现草人案是一场巨大的阴谋。

法医宋慈上任通古县县令，然上任当天便遇到前来盗取绝命诗案卷宗之人，三年前的一场冤案就此浮出水面，召文阁内数名书生又因绝命诗接连惨死，一时间“绝命诗索命”谣言四起，这一切到底隐藏着何种阴谋，真相终将浮出水面，只是隐藏在真相背后的冤屈，妻离子散的家庭，又该如何重聚……