伊万（艾什顿·库彻 饰）曾经有一个糟糕的童年，因为他闯下了的大祸，令他童年充满不堪回忆的往事。而事实上，他确实只是依稀记得一点可怕的情景，这些情景一直纠缠着他的正常生活。伊万接受心理学家建议，把琐碎生活记在记事本里，却偶然发现通过记事本回到过去。这时他才清楚记起，童年时候的自己做了那么多的错事。他幻想着用现在的意识，潜入童年的身体，去弥补种种过失给人们带来的伤害，尤其是希望与当年暗恋的凯蕾（艾米·斯马特 饰）最终走回一起。然而他一次次的跨越时空的更改，只能越来越招致现实世界的不可救药。一切就像蝴蝶效应般，牵一发而动全身。

本片由“文森特和马沙的妻子”、“金表”、“邦妮的处境”三个故事以及影片首尾的序幕和尾声五个部分组成。看似独立的小故事里面，却又有环环相扣的人和事。盗贼“小南瓜”和“小兔子”在早餐店里打劫，却遇上了天大的麻烦——黑社会成员朱尔斯（塞缪尔·杰克逊 饰）和文森特（约翰·特拉沃尔塔 饰）在店内用餐，可谓天外有天。二人是否会放过两名小盗贼？ 而文森特是黑社会大哥马沙·华莱士（文·瑞姆斯 饰）的手下，马沙下命令让他陪妻子一个晚上，明知如有雷池必死无疑，但面对马沙妻子美艳诱惑，文森特该怎么办。文森特的故事还没完，拳击手布奇（布鲁斯·威利斯 饰）的出现将令他的人生从此改变。布奇有一块祖传金表，就是因为这块金表，他和马沙分享了一个耻辱的秘密。故事环状结构，回到开端。朱尔斯在小盗贼面前诵读圣经，表示对杀人的厌倦和感悟。什么事件令他如此转变？“邦妮的处境”中就有答案。

这部拍摄于1989年版的《变蝇人2》是1986年版《变蝇人》的续集，影片承接第一集母亲维尼卡怀上赛斯孩子的伏笔，当她产下一枚蝇蛹时被当场吓死。当局的科研机关巴托工业园收养了苍蝇之子马丁·布朗多（艾瑞克·斯托罗兹 Eric Stoltz饰），由巴托工业的老总巴托先生（约翰·盖兹 John Getz饰）抚养。巴托先生密切监视着马丁的一举一动，表面上把马丁视如己出，实则却把他当作研究对象，暗地里用摄像机记录下他所有的生活过程，让马丁研究他父亲生前的时空传送装置。马丁看上去英俊帅气，无异于常人，除了的惊人的生长速度和超人的天资才能。不久，马丁就与美丽的贝斯·洛根（达芙妮·祖尼加 Daphne Zuniga饰）坠入爱河。可隐藏在马丁体内的变异染色体突然苏醒，等待马丁的是变成下一个“苍蝇人”的恐怖噩耗。

奥麦莉是一名高级海军军官，同时也是一名带着两个孩子的单身母亲，她和高级将领同时也是战斗英雄的尼尔森建立了恋爱关系，但不久她发现尼尔森已经结婚了，并很快断绝了他们之间的关系，就在奥麦莉试图重新开始自己生活时，一天夜晚，她被一个持枪入侵者从睡梦中惊醒，经过搏斗，她开枪打死了那个人。法庭判定她是误杀，但罪犯却是尼尔森，军方怕丑闻泄露影响不好，所以准备以谋杀罪名成立判奥麦莉入狱。被指派给她的辩护律师将通过军事法庭程序为她辩护使她重获自由。

影片描写了二次大战中的1943年，10名飞行员驾驶B—17轰炸机飞越德军上空轰炸既定目标的壮烈场面。这群朝气勃勃的小伙子，刚刚完成了他们的第24次飞行任务，再飞一次可以返家了，久违的家在等他的，战争结束之后该做什么，在每个人的心中都有一番憧憬。然而，残酷的事实摆在他们面前，无法向人表露的紧张和恐惧，只有默默地祈求冥冥中的神灵保佑。为此，他们视好运胜过一切，一块护身挂牌，甚至是一条幸运皮筋，都可以使他们的心灵得以寄托。在紧张、无奈的等待之后，终于等来了出发的命令，满载弹药的飞行方阵穿过云层，向目标靠近。主机孟菲斯美女号是戴尼斯为了纪念他在孟菲斯相识的女友而命名。在天气恶劣、云层密布，目标无法确认的情况下，戴尼斯为了保护无辜的生命和医院、学校等公共设施，冒死重新飞回，确认了目标。重创之下的飞机终于载着这群伤痕累累却胜利完成使命的英雄的归来。